脑包虫病没有特效药，换句话说，没有任何药物单独使用可以把包虫病治愈。首选治疗是手术治疗，一旦诊断明确、诊断清楚，包虫形成的包裹包膜比较清晰，要及时进行手术治疗。
包虫通常散在或者多发，根据包虫病的包膜大小、位置决定手术方式。手术完整剥离包虫病的整体病灶是治疗包虫病，乃至治愈包虫病的关键所在。在手术过程中，一定非常小心，避免包虫的囊腔破碎，引发比较严重的免疫反应。
手术完成后可以考虑口服驱虫药物作为后续治疗，如口服吡喹酮。但没有经过手术，单用吡喹酮不行，这个病无法治愈。所以说包虫病手术治疗是首选方案，后续可以辅助药物治疗，并没有所谓的特效药。
