细菌性肝脓肿的主要临床症状是右上腹不适或者上腹不适，伴有高热、寒战，上述皆是最主要的症状。但本身上述症状并不是特异性症状，像胆囊炎或者上腹部外伤，包括胃炎，也会出现相似的症状。如果伴有胆管结石、胆管炎，也会引起类似的症状。而上述疾病也可以并存在一个病人的身上，所以单纯根据此类症状上是无法判定是否为细菌性肝脓肿。
因此还是需要做血常规的检查，看有没有白细胞，或者是中性百分比明显升高。另外也看肝功能的情况，有没有C反应蛋白，或者肌钙蛋白有明显升高，还有降钙素原有没有升高。如果想确诊，还是需要B超检查，做穿刺引流，或者通过上腹部强化CT，来进一步明确诊断。所以如果想要确诊细菌性肝脓肿，需要综合考虑、综合判断，包括临床症状、体征，再加化验室检查，再加B超、CT。
