做肠镜一般没有后遗症，肠镜是一个较安全的检查，虽然要插管子，还要经过直肠、肛门，插入肠道，有时候还要看小肠，但整个过程比较安全。偶尔可能千分之几的概率，甚至万分之几的概率会有穿孔。
出现穿孔可能会有后遗症，要及时在胃镜下或者通过外科手术进行处理，及时修补，可能也不会有严重的问题。如果出现严重的并发症，需要手术治疗，有时会有肚子疼或者拉肚子等后遗症。
肠镜检查底下要充气，可能对于肠道蠕动功能或者排气功能等较差的人，可能在肠镜检查几天内，一直会有痉挛性或者胀气的疼，都是正常的现象，一般很快能缓解。如果长时间不缓解，要注意有无其他的问题，可能需要去检查。
