一般支气管镜能查出部分肺癌，但并不绝对。目前病理诊断仍是肿瘤诊断的金标准，对于中央型肺癌如小细胞癌或鳞癌，当与气管、主支气管位置相对邻近时，通过支气管镜检查，较易钳取到组织进行病理检查，从而进行诊断。
但肺腺癌等周围型肺癌，尤其是生长在支气管末端临近胸膜处，此时支气管镜检查有一定局限性，因为病灶离主要的支气管或细支气管距离较远，支气管镜检查难以钳取到病变组织。此时可能要在CT或彩超引导下进行穿刺，以完善病理诊断，再进行后续治疗。此外，痰液或胸水的脱落细胞学检查，以及浅表淋巴结、转移淋巴结的穿刺活检，都有助于进行病理诊断。
