法洛四联症最严重的并发症为缺血、缺氧，主要表现为呼吸困难和缺氧性发作。常见的并发症包括患儿在成长过程中缺氧症状加重、突然出现意识丧失、蹲踞现象、杵状指，还会导致小儿发育迟缓。部分儿童大脑长期缺氧，引起脑脓肿，甚至抽搐。
此外，因为法洛四联症患者的室间隔缺损与主动脉之间存在骑跨，手术之后会导致房室传导阻滞。即心脏本来可以跳100次/分，术后只能跳40次/分，甚至20次/分。手术后医生会对患儿进行一系列治疗，如果不能恢复，则患儿需要安装永久起搏器。法洛四联症的患儿出现三尖瓣功能异常时，还会导致右心衰竭。
总之，法洛四联症手术的成功率高，在95%以上，其并发症虽然严重，但发生率不超过1%。
