完全性肺静脉异位引流的治疗是早期诊断、早期手术。如果不采取手术治疗，80%的患儿在1岁内死亡。如果患儿并发肺静脉回流受阻，常常必须在新生儿阶段，通过急诊手术来挽救生命。即使患儿无肺静脉回流梗阻，而且肺动脉高压较轻，也不能拖延手术时机。应该在1岁之内手术，以防止疾病进行性恶化。手术前必须应用强心利尿剂和血管扩张药物，防止慢性心功能不全的急性发作。
一、药物治疗
1、正性肌力药物：该类药物包括米力农和多巴酚丁胺。可以使心肌收缩力加强，心排血量增加，从而改善肺动脉高压症状。
2、降肺动脉压药物：前列环素类、内皮素受体拮抗剂类、磷酸二酯酶抑制剂类。
3、心肌营养药：在患者做完手术后早期使用，可以促进心肌细胞代谢，使心脏正常发育，如曲美他嗪、尼可地尔。
二、手术治疗
完全性肺静脉异位引流矫治术将畸形连接的肺静脉连接到左心房，修复房间隔缺损，结扎不必要的静脉，使肺静脉血液进入左心房进行正常循环。
三、营养治疗
若患儿术后循环稳定，且生命体征平稳，可在术后15~20h给予肠内营养。首选深度水解奶粉，这样易消化且吸收好。首次给予时，需密切观察喂养耐受情况，有无腹胀、腹泻、观察大便颜色及量。术后往往会有胃肠道的应激反应，胃管引流液呈咖色。此时，可鼻饲2次配方奶后，观察胃液情况。若咖色胃液消失，可继续胃肠道营养。若无改善，则根据医嘱添加保护胃黏膜药物，甚至暂停肠内营养。对不能耐受胃肠营养者，给予静脉营养，从深静脉24h持续匀速泵入，并密切观察有无皮疹、发热、高脂血症等并发症的发生，定时监测血糖。
四、其他治疗
如果患儿在出生数日内有严重青紫，在发生严重窘迫及心血管功能不全时，应考虑肺静脉异位回流有梗阻。内科的紧急治疗为纠酸，以降低肺循环阻力。