肛门脓肿的主要治疗方法是手术治疗，辅助以药物治疗，常见的药物有头孢、阿莫西林及布洛芬等，手术方式有肛门脓肿引流术。该病需要长期持续性治疗。
一、药物治疗
1、头孢类抗生素：主要使用抗生素抗感染治疗，由细菌感染引起的睾丸炎应主要使用抗生素治疗，在临床上，主要是可以口服头孢类的抗生素，来进行抗感染治疗，效果就比较好。但抗生素必须要在明确有病菌感染的前提下才可以使用，不能盲目滥用。
2、阿莫西林：杀菌作用强，穿透细胞膜的能力也强。多用于治疗生殖系统炎症，是目前应用较为广泛的口服半合成青霉素之一，其制剂有胶囊、片剂、颗粒剂、分散片等等。偶可见恶心、呕吐等不良反应，孕妇慎用。
3、布洛芬：为解热镇痛类，非甾体抗炎药。本品通过抑制环氧化酶，减少前列腺素的合成，产生镇痛、抗炎作用；通过下丘脑体温调节中枢而起解热作用，用于晚期妊娠妇女可使孕期延长，引起难产及产程延长。孕妇及哺乳期妇女不宜用。
二、手术治疗
1、肛门脓肿切开引流术：将脓肿沿直肠纵轴方向做放射状切开，高位脓肿放置引流物时应放置创口底部，以排尽脓液。肛周脓肿确诊后应及时切开排脓，以控制感染，避免脓肿向其他间隙扩展，甚至产生复杂性肛瘘。一般肛周脓肿手术引流后，如果形成肛瘘了再做肛瘘切除术，这样对肛门的损伤比较小，病情解决的也比较彻底一点，变成肛瘘的时间一般是在2~3个月。
此手术适用于坐骨直肠窝脓肿、直肠后脓肿、高位肌间脓肿、骨盆直肠脓肿等，而禁忌症是患者局部有感染灶者或者凝血功能异常。
2、肛门脓肿一次切开根治术：这种手术方法有较好的临床疗效，可一次根治脓肿，免去患者再次行肛瘘手术的痛苦。适用于肛门脓肿且有明确内口者。需要注意的是，在肛门脓肿因炎症组织浸润，组织肿胀而内扣不明显，此时需要用探针沿原有腔道仔细探查，从原发内口无张力地引出，切忌动作粗暴形成人为内口。
3、马蹄形脓肿切开引流术：这种手术方法适用于脓肿累及范围大的半马蹄或全马蹄形肛门直肠周围脓肿。临床报道用此方法治疗马蹄形脓肿治愈率可达96%以上。但不可遗留有死腔不处理，以后位马蹄形脓肿为主，内口多在反正中，可探寻内口，浅则切开引流，深则挂线(虚挂)。