子宫附件囊肿有很多种可能性，而绝大多数都是良性，这里所说的子宫附件囊肿多见于附件区囊肿。附件区囊肿又分为生理性囊肿和病理性囊肿，所谓生理性囊肿，其实这个说法不是特别正确。因为每个月女性的卵巢里面都会有一个优势卵泡，而优势卵泡在逐渐发育过程中，即将排卵之前直径可以达到2cm左右。如果这个时候做超声检测，还有可能会将2cm左右的成熟卵泡误认为卵巢囊肿。随着卵泡破裂排出之后，B超影像学下卵巢上的囊肿再也看不见，这样的卵巢上肿囊，随着月经不同周期而发生周期性变化，因此管它叫做生理性变化，确切说并不是囊肿。
另外一大类就是病理性囊肿，需要根据病理结果分为比如浆液性肿瘤、黏液性肿瘤，或者单纯卵巢囊肿、输卵管积水。还有一部分特殊一点的疾病叫做巧克力囊肿、卵巢的子宫内膜异位囊肿。发病原因就是子宫内膜正常情况下，每个月月经周期都在子宫内膜周期性增厚、剥脱，剥脱的时候由于出血会伴随月经来潮。但是这种子宫内膜不知道什么样的原因异位到卵巢上，随着每个月卵巢周期性激素水平变化，就会出现卵巢子宫内膜异位囊肿，而且这种囊肿越来越大。但是所说的病理性囊肿具体分类是什么样，是良性还是恶性这一些还是需要进行手术，而且手术之后将切除的标本送检病理才能够明确诊断，但绝大多数都是良性的。
