直肠损伤患者主要以抢救休克、吻合肠管、治疗并发疾病为主，选择应用抗菌药物，并根据病人的损伤情况决定术式来手术治疗。
一、一般治疗
直肠损伤的患者注意休息，尽量减少不必要的活动，补液抗休克。
二、药物治疗
抗菌药物治疗：如庆大霉素、头孢类抗菌素、左氧氟沙星等，直肠损伤患者均应使用抗菌素治疗，预防炎症及治疗炎症。
三、手术治疗
1、Ⅰ期修补术：不需再次手术，住院时间短，术后并发症少，虽还不能普遍应用，但已成为结直肠非毁损伤、和平时期结直肠损伤治疗的主要术式。
2、Ⅰ期切除吻合术：适用于损伤直肠＞25%周径者、贯通伤、有肠壁缺损、邻近的多处损伤，以及火器伤等情况，但要求血流动力学稳定、没有严重的腹腔污染。
3、肠造口术：虽然直肠损伤应常规造口的原则已被摈弃，但仍是直肠损伤常用的手术方法之一。主要适用于枪弹等高能量损伤、腹腔污染严重、局部损伤重、休克时间长，及伤后确定性手术时间延迟者，或因严重失血性休克、多发伤等需采用损害控制外科策略者等。通过粪便转流保证损伤修复处愈合，减轻腹腔内感染，避免术后修补处或吻合口瘘等。直肠造口有4种术式，如单腔造口、标准式襻式造口、远端肠道关闭法襻式造口和双腔造口。保护性造口虽不能减少修补或吻合口漏的发生，但可减少漏后严重感染并发症的发生。
4、损伤直肠外置术：外置术迅速、简单和安全，适用于对修补和吻合存在疑虑时，外置5～10天直至愈合，再回纳腹腔，假如不愈合，也不会污染腹腔，但外置的肠襻很容易转变为造口。
5、乙状直肠造口：造口转流粪便是直肠损伤治疗的基本方法，可根据具体情况选择标准式襻式造口、远端肠道关闭法襻式造口、双腔造口、Hartmanns手术等。对于腹膜外直肠损伤，如果无泌尿生殖系统等损伤，不行直肠损伤修补时，则可行腹腔镜乙状结肠造口，可同时探查腹腔内脏器有无合并伤。
6、直肠伤口修补：腹膜外段损伤由于显露损伤困难，需游离大部分直肠，技术上有时难以达到，并可能增加感染并发症。
7、远侧直肠灌洗：远侧直肠灌洗可减少直肠内细菌的数量，但可能因灌洗液流入造成直肠周围感染，是否应用争议较大。事实上多数直肠损伤者直肠相对空虚，取截石位时大多数粪便可手法掏出，常不需直肠灌洗。如果发现直肠旁间隙有粪便，应设法清除。
8、骶前引流：骶前引流用于直肠腹膜外伤口行经腹修补者、已形成肛提肌上方的直肠周围感染或脓肿时，对预防直肠破裂后的感染并发症作用不大，多不需切除尾骨。