根据当地流行病学和抗菌药物敏感耐药情况，使用抗菌药物治疗，并根据患者的疾病严重情况，选择局部药物治疗联合全身药物治疗。
一、一般治疗
1、注意个人卫生：使用棉质内裤，勤换内裤，避免潮湿。患者的毛巾、内裤等衣物要隔离洗涤，用开水烫，以免传播。同时洁身自好，避免滥交。
2、避免传染：治疗期间避免性生活，夫妻同时用药，避免接触患有软下疳患者的衣物以及个人用品。
3、合并症的治疗：如果患者合并有梅毒和(或)艾滋病，需要同时进行治疗，可以加快治疗进程。
二、药物治疗
1、全身治疗：
（1）阿奇霉素：适用于男女性传播疾病中，由非多重耐药的杜克嗜血杆菌感染的软下疳，肝肾功能不全者慎用。
（2）头孢曲松：常用制剂有注射剂，适用于软下疳合并敏感致病菌所致的尿路感染、盆腔感染和皮下软组织感染，对头孢菌素类抗生素过敏者禁用，有胃肠道疾病史者慎用，肾功能不全者慎用。
（3）环丙沙星：为广谱抗菌药，适用于软下疳合并敏感菌引起的泌尿生殖系统感染、皮肤软组织感染。本品禁用于对环丙沙星或其他任何喹诺酮类药有过敏史的人，孕妇及18岁以下患者禁用阴道泡腾片。
（4）红霉素：为大环内酯类抗生素，用于青霉素过敏患者治疗衣原体、支原体所致泌尿生殖系感染和梅毒的替代用药。对本品过敏者禁用，有耳毒性和肝肾毒性。
2、局部治疗：
（1）未破溃的丘疹或结节：外用鱼石脂、红霉素软膏，可以缓解患者痛苦，但该药可能部分人会有过敏反应，应在医生的指导下进行使用。
（2）溃疡：用1:5000高锰酸钾或过氧化氢溶液冲洗，然后外用红霉素软膏，因软下疳易于自身接种，应做好局部清洁、消毒。
（3）淋巴脓肿：穿刺应在远处正常皮肤刺入脓腔抽吸脓液，这种方法能很大程度上缓解患者的痛苦，减轻因为脓肿的刺激而产生的疼痛。
三、手术治疗
对于腹股沟淋巴结存在波动性脓肿的患者，清除脓肿可以缓解症状。可采用针刺抽吸的办法，脓腔较大或引流不畅者可切开引流，以及对于形成窦道或瘘管且脓流不畅者，可予以切开。
四、其他治疗
应该对已确诊患者表现出症状前10日内性接触过的若干性伴侣进行检查和治疗，无论他(她)们是否表现出症状。还应对其性伴侣给予包括HIV在内的其他性传播病原体进行检查。