毛滴虫病最主要的就是滴虫阴道炎、尿道炎、前列腺炎，其治疗主要是采取药物治疗的手段，治愈此病需要全身用药。主要治疗药物为硝基咪唑类药物，常用的药物有甲硝唑和替硝唑。不论男女，不论是否有症状，均需治疗。治疗可降低人群中阴道毛滴虫的携带率、缓解症状，以及降低发生不良后果的风险。
一、一般治疗
1、去除诱因：了解存在的诱因并及时消除，如停服广谱抗生素、雌激素等，合并糖尿病时要同时予以治疗。使用棉质内裤，患者的毛巾、内裤等衣物要隔离洗涤，用开水烫，以免传播。
2、改变阴道酸碱度：正常情况下阴道内环境偏酸性，滴虫寄生于阴道时会使阴道pH由酸性变为中性或碱性，从而减弱对各种病原菌的抑制作用，利于虫体和细菌的生长繁殖。故需要降低阴道pH值，方法是用高锰酸钾液冲洗阴道或坐浴。
二、药物治疗
1、甲硝唑：初次治疗可以选择甲硝唑，治疗方案可以选择顿服(单次口服)或者口服多剂，有报道称单剂和多剂方案治愈率相近，但是可以完成多剂治疗方案的女性可能获益于时间更长的治疗。而单剂疗法的优点包括依从性更好、禁酒时间更短，然而副作用如恶心、呕吐、头痛、金属味及头晕等，似乎与剂量相关，因此低剂量、长疗程多次给药疗法的副作用发生率更低。也可以选择在病变局部外涂甲硝唑凝胶，但是口服优于阴道给药，因为全身给药可达到更高的血药浓度，并在尿道和尿道旁腺中达到药物治疗水平。服用甲硝唑者，服药后12~24小时内避免哺乳。
2、替硝唑：替硝唑也可以选择顿服、口服多剂两种方案，服药后3日内避免哺乳。
三、手术治疗
该病一般无需手术治疗。
四、其他治疗
性伴侣治疗：滴虫病患者或者无症状带虫者皆为传染源，因此不论男女，不论是否有症状，均需治疗。治疗可降低人群中阴道毛滴虫的携带率、缓解症状，以及降低发生不良后果的风险，包括感染/传播HIV。患者的性伴侣应同患者一起就医，进行诊治，并且患者及其性伴侣在治疗结束前应避免无保护性行为。