生殖器疱疹的症状分原发性的和复发性的。原发性的是指以前从来没有感染过疱疹病毒，在第一次感染以后出现的症状。当然不是所有的人感染病毒以后都会出现表现，大多数患者也没有症状，但是对于免疫力的或者对病毒反应比较强的，在早期就可以出现全身症状，比如出现发烧、头疼、肌肉疼、浑身不适等。在全身症状3-4天的时候达到高峰，再持续3-4天以后，全身的症状可以逐渐消失。
局部症状主要是经过潜伏期以后一般3-5天，皮损可以转生殖器的部位，男性的阴茎冠状沟、尿道口、阴茎或者阴囊，女性以大小阴唇或者阴道口、尿道口，甚至宫颈都是可以的。局部的表现主要是出现红斑，之后小丘疹慢慢变成水疱，水疱经过几天以后可以糜烂，可以形成溃疡，伴有明显的疼痛。溃疡大概持续两周自由，之后结痂，慢慢痊愈是这样的过程。
复发性的生殖器疱疹大约有一半的患者在复发之前有前驱症状，比如局部有瘙痒、烧灼感、疼痛感，复发的一般全身症状就比较轻，而且局部的表现也比较轻微，往往就是在红斑上发生几个小水疱，当然多的也有发生十几个的，但是不管局部的表现轻与重，局部不舒服的症状一般都不是很明显，极个别的患者可以出现明显不适的症状，烧灼感、疼痛等，但是大多数症状比较轻微。在局部除有疼痛和瘙痒以外，如果出现溃疡的时候也可以伴有溃疡皮肤破损的疼痛，大多数在7-10天就可以痊愈了。
