对于妊娠合并巨细胞病毒感染的孕妇来说，积极治疗是正确之选。巨细胞病毒感染者多无临床症状，此类无症状患者无需抗病毒治疗。而对于有症状感染者的治疗可应用各种抗病毒药物，但这些药物并不能解决根本问题，往往停药后病毒又潜伏地回升。
一、药物治疗
1、核苷类似物抗病毒制剂：阿昔洛韦进入体内转化为三磷酸化合物，后者干扰病毒DNA聚合酶的作用，抑制 DNA的复制。阿糖胞苷和阿糖腺苷抗病毒作用比阿昔洛韦弱，属于妊娠期C类用药，孕妇用药安全性尚未确定，静脉滴注，用于治疗部分先天性巨细胞病毒感染儿，有抑制巨细胞病毒排出的作用。更昔洛韦抗巨细胞活性强于阿昔洛韦10~100倍，早期用药效果好。
2、非核苷类广谱抗病毒药物：膦甲酸钠，其作用是抑制活动性病毒感染，不能治愈，但可为有先天严重感染的病儿争取神经系统发育时间，对耐阿昔洛韦的巨细胞病毒感染也有效。该药有肾毒性、电解质失衡等不良反应，为防止发生低血钙，应补充维生素D和钙剂。妊娠期妇女不推荐使用，哺乳期妇女服用本品应当停止哺乳。
3、干扰素：大剂量干扰素能抑制病毒血症，使病情稍见好转，孕妇慎用。
4、转移因子：有增强机体细胞免疫功能的作用，对治疗先天性巨细胞病毒感染有一定效果。
二、手术治疗
产科处理妊娠早期确诊孕妇巨细胞病毒感染，立即行人工流产终止妊娠或等待至妊娠20周时抽取羊水或脐静脉血，检测巨细胞病毒SIgM抗体，若为阳性，则应行妊娠中期引产中断妊娠，以免出生先天性缺陷儿。妊娠晚期感染，视胎儿有无畸形而定，妊娠足月后，可经阴道分娩，因胎儿可能已在宫内感染巨细胞病毒。