由于交叉异位肾的病因和发病机制尚未完全阐明，目前仍缺乏病因治疗，患者主要以一般治疗、对症支持治疗、手术治疗为主。
一、一般治疗
1、疼痛治疗：主要依靠选择合适的镇痛药物，包括非甾体抗炎药(如对乙酰氨基酚)及非阿片类镇痛药。
2、对症治疗：有发热等全身感染症状应注意休息、避免劳累。
二、药物治疗
1、净石灵胶囊：净石灵胶囊主要功效为补肾、利尿、排石。用于治疗肾结石、输尿管结石、膀胱结石以及由结石引起的肾盂积水、尿路感染等。双肾结石直径超过1.5cm或结石嵌顿时间很长病例忌服。
2、金甲排石胶囊：金甲排石胶囊主要功效为活血化瘀、利尿通淋，用于砂淋、石淋等属于湿热瘀阻证候者，妊娠者禁服。
3、依托红霉素片：依托红霉素片为青霉素过敏患者治疗感染的替代用药，对于有泌尿系感染者效果佳。但是服用本药后发生肝毒性反应者较服用其他红霉素制剂为多见，服药数日或1~2周后患者可出现乏力、恶心、呕吐、腹痛、皮疹、发热等。有时可出现黄疸，肝功能试验显示淤胆，停药后常可恢复。
三、手术治疗
交叉异位肾一般不需手术治疗，但部分患者肾功能不断衰退、症状逐渐加重，则需要进行手术治疗。
1、肾切除术：症状严重的交叉异位肾患者，肾实质显著破坏、萎缩、引起肾性高血压或合并严重感染，肾功能严重丧失，而对侧肾功能正常时，可切除患肾。临床上常采用的手术方法，包括开放肾切除术和腹腔镜肾切除术。如果对侧肾功能正常，切除患肾后患者的基本生活可不受影响。
2、肾移植：当交叉异位肾患者肾功能不断恶化，双肾功能均丧失时肾移植是最理想的治疗方法。肾脏移植患者只要移植肾脏有功能，就要终身服用免疫抑制剂(除同卵双生子之间的移植外)。术后应避免使用对肾脏有毒性的药物，如氨基糖苷类的庆大霉素、丁胺卡那霉素、链霉素等都应避免使用。如果必需使用则应在严密观察和医生的指导下短期应用。
3、经皮肾镜碎石术(PNL)：该手术方法主要针对合并肾结石、肾积水或肾积脓的患者。将肾镜从体外穿入肾盂肾盏内进行体内碎石，主要用于治疗一些复杂性肾结石，如超过2cm的肾结石、鹿角形结石、多发性肾结石及体外冲击波难以粉碎和治疗失败的结石。需要注意，虽然PNL是一种微创手术，但它仍然有一定的侵入性和风险。所以在决定使用这种治疗方法之前，必须对患者手术条件进行仔细评估，以避免并发症的发生。