无精子症的治疗需要针对不同的病因采取对应的治疗方式，主要采用手术治疗和药物治疗相结合的方式。药物治疗包括头孢类、阿莫西林和糖皮质激素等，有生育需求的可行手术治疗，包括精囊镜、尿道射精管切开术及人工受精，此病需要长期持续性治疗。
一、药物治疗
1、头孢类：主要使用抗生素抗感染治疗，由细菌感染引起的睾丸炎应主要使用抗生素治疗，在临床上，主要是可以口服头孢类的抗生素抗感染治疗，效果比较好。但抗生素必须要在明确有病菌感染的前提下才可以使用，不能盲目滥用。
2、阿莫西林：阿莫西林杀菌作用强，穿透细胞膜的能力也强。多用于治疗生殖系统炎症，是目前应用较为广泛的口服半合成青霉素之一，其制剂有胶囊、片剂、颗粒剂、分散片等。偶可见恶心、呕吐等不良反应。
3、糖皮质激素：糖皮质激素用于治疗输精管道炎症，也可用于激素替代疗法，补充患者体内的激素水平，提高生育能力。具有调节糖、脂肪、和蛋白质的生物合成和代谢的作用，还具有抑制免疫应答、抗炎、抗毒、抗休克作用。长期大量使用可引起不良反应，包括骨质疏松、肌肉萎缩、皮脂功能亢进综合征等。
二、手术治疗
1、精囊镜：对合并血精及怀疑精囊结石或肿瘤的患者，可行精囊镜检查，精囊镜检查过程中可以冲洗积血和细菌。起到治疗的作用，通过精囊镜检查，可疏通精道和射精管，促进精液顺利排出。精囊镜检查需要患者在全麻或椎体麻醉的状态下进行，以减轻患者的疼痛，顺利完成检查。此外，患者在精囊镜检查的过程中可能需要接受有创性手术，这会造成严重的疼痛。如果出现精囊感染，需要在精囊内注射抗感染药物，如发生精囊结石，需要使用异物钳，精囊内如出现占位性病变，则需要进行活检。
2、尿道射精管切开术：应根据囊肿的具体病情来合理规划个体化的治疗方案，囊肿压迫引起临床不适症状者(如射精管区囊肿)，可行经尿道射精管切开。
3、人工受精：对于先天畸形或严重发育不良等梗阻无法解决者，可考虑供精者精液人工受精，采用非性交的方式将精子递送到女性生殖道中以达到使女子受孕目的的一种辅助生殖技术。此种方法适用于睾丸显微取精完全无精子症患者、患者伴有明确的遗传病以及因各种原因不愿意接受治疗的患者。