肠结核的治疗目的是消除症状、改善全身情况、促使病灶愈合及防治并发症。因为肠结核早期病变是可逆的，所以早期治疗尤为重要。该病的主要治疗方法包括胃肠减压，使用异烟肼、利福平等抗结核化学药物以及病变肠段切除术、肠段切除吻合术等。
一、一般治疗
腹痛可用抗胆碱能药物；摄入不足或腹泻严重者应注意纠正水、电解质与酸碱平衡紊乱；不完全性肠梗阻病人，需进行胃肠减压。
二、药物治疗
抗结核化学药物，如异烟肼、利福平、吡嗪酰胺、链霉素等，是本病治疗的关键。抗结核化学治疗的原则是早期、规律、全程、适量、联合，整个治疗方案分强化和巩固两个阶段，具体用药方法如下，但必须采用全程督导，以保证病人不间断地规律用药。
1、初治肠结核治疗方案：强化期应用异烟肼、利福平、吡嗪酰胺和乙胺丁醇，巩固期应用异烟肼、利福平。
2、复治肠结核治疗方案：强化期应用异烟肼、利福平、吡嗪酰胺、链霉素和乙胺丁醇，巩固期应用异烟肼、利福平和乙胺丁醇。
3、耐药结核病：详细了解病人用药史，该地区常用抗结核药物和耐药流行情况，尽量做药敏试验。严格避免只选用一种新药加到原失败方案，治疗方案至少含4种二线的敏感药物。药物剂量依体重决定，加强期应为9~12个月，总治疗期为20个月或更长，以治疗效果决定。监测治疗效果最好以痰培养为准。
三、手术治疗
1、急性肠穿孔应行病变肠段切除术：因修补是在有急性炎症、活动性结核病灶上进行，失败率甚高。
2、肠段切除吻合术：小肠因瘢痕狭窄导致梗阻者做肠段切除吻合。
3、分段切除吻合术：多发性病变可作分段切除吻合，应避免作广泛切除。
4、回盲部或右半结肠切除术：回盲部增生性病变可行回盲部或右半结肠切除，如病变浸润固定而不能一期切除，可在病变的近侧切断回肠，缝闭后行短路手术或造口，待病变控制后再行二期手术切除病变肠袢。