小儿消化性溃疡的病因与诸多因素有关，确切发病机制至今未完全阐明，可能与胃酸和胃蛋白酶的侵袭力、胃和十二指肠黏膜的防御功能下降、幽门螺旋杆菌感染、遗传因素有关。本病好发于学龄期儿童，可由精神创伤、中枢神经系统病变、饮食习惯不当以及部分药物诱发。
一、主要病因
1、胃酸和蛋白酶的侵袭力：酸和胃蛋白酶是对胃和十二指肠黏膜有侵袭作用的主要因素，新生儿生后1~2天胃酸分泌高，与成人相同。4~5天时下降，以后又逐渐增高，故生后2~3天亦可发生原发性消化性溃疡，因胃酸分泌随年龄而增加，因此年长儿消化性溃疡的发病率较婴幼儿为高。
2、胃和十二指肠黏膜的防御功能：决定胃黏膜抵抗损伤能力的因素包括黏膜血流、上皮细胞的再生、黏液分泌和黏膜屏障的完整性。在各种攻击因子的作用下，黏膜血液循环及上皮细胞的分泌与更新受到影响，屏障功能受损，发生黏膜缺血、坏死，形成溃疡。
3、幽门螺旋杆菌感染：大部分溃疡患儿存在幽门螺旋杆菌感染，幽门螺旋杆菌被根除后溃疡的复发率即下降，说明在溃疡病发病机制中起重要作用。
4、遗传因素：消化性溃疡的发生具有遗传因素的证据，部分患儿可以有家族史，胃溃疡和十二指肠溃疡同胞患病比一般人群分别高1.8倍和2.6倍，单卵双胎发生溃疡的一致性比较高，但其家族史也与幽门螺旋杆菌感染的家族聚集倾向有关。
二、诱发因素
1、精神创伤、中枢神经系统病变、外伤、手术等。
2、饮食习惯不当，如暴饮暴食、过冷、油炸食品、气候因素等。
3、对胃黏膜刺激性的药物，如非甾体抗炎药物、类固醇激素等。
4、其他疾病，如炎症性肠病、慢性肾脏疾病、卓-艾综合征等，可导致体内胃酸过多产生溃疡。