人工瓣膜心内膜炎治疗周期长，治疗方式有药物治疗和手术治疗，药物治疗必须使用杀菌性抗生素，如头孢菌素、青霉素。本病主要以手术治疗为主，如二尖瓣置换术、主动脉瓣置换术、带瓣人造血管移植术。
一、药物治疗
1、抗生素：人工瓣膜心内膜炎必须应用杀菌性抗生素，如头孢菌素、青霉素等，因为人工瓣膜心内膜炎的治疗是不乐观的。抗生素应用要根据病原菌培养及药敏试验而定，药敏试验时抗生素水平力求达到1：8试管稀释度能对抗病原菌。对大多数病原菌，必须联合应用两种抗生素，以防止耐药菌株的产生。满意的药物治疗需6~8周，但药物治疗一般疗效甚差，人工瓣膜心内膜炎单纯内科药物治疗死亡率很高，且易复发。因此，其在人工瓣膜心内膜炎治疗中仅占部分地位或属一阶段，是次要的。
2、万古霉素：此药常常用于耐药或者疗效欠佳的葡萄球菌致病者，其作用机制是抑制细菌细胞壁的合成，它主要和细菌细胞壁结合，而使某些氨基酸不能进入细胞壁的糖肽中，对耐甲氧西林金黄色葡萄球菌感染者为首选药物，常见的不良反应为寒战、皮疹、药物热及血栓性静脉炎等，长期或大量使用可损害听力及肾功能，一旦听力损害则不可能恢复，耳鸣为其先兆症状，如有耳鸣应立即停药。
二、手术治疗
1、二尖瓣置换术：如果二尖瓣环被感染破坏不严重，则可用常规方法在原来位置再次行二尖瓣置换术。如果人造瓣膜周围存在广泛二尖瓣瓣环及瓣下脓肿，则把带有绦纶翼缘的人造瓣膜安置在二尖瓣瓣环上方1.5~2cm左房侧，缝在房壁上，若二尖瓣环被感染破坏严重不能手术。
2、主动脉瓣置换术：如果主动脉瓣环被感染破坏不严重，可采用主动脉瓣置换术。人造瓣膜安置在主动脉瓣环上，切勿压迫冠状动脉开口。若压迫冠状动脉开口，用大隐静脉作左右冠状动脉搭桥术，或者左右冠状动脉直接移植到人造血管上，以恢复冠脉循环。若主动脉瓣环被感染破坏严重不能手术。
3、带瓣人造血管移植术：当主动脉瓣环整周受影响时，可行带瓣人造血管移植术来重建左心室到主动脉的连续性。当主动脉壁感染病变累及冠状动脉开口，可用人造血管按带瓣人造血管移植术式重建左心室到主动脉的连续性。远心端缝合在冠状动脉开口上方已横断的主动脉壁上，瓣膜可安置在升主动脉或人造血管上。