胃肠功能紊乱起病多缓慢，可根据不同分类，症状有所区别，以腹痛、烧灼感、腹泻、便秘为主，部分患者可出现失眠、焦虑、抑郁、头痛、恶心等症状，本病治疗不及时，可合并出现神经性厌食。
一、典型症状
1、腹痛：是胃肠功能紊乱经常出现的症状，伴有大便次数或形状的异常，腹痛多于排便后缓解，部分病人易在进食后出现。腹痛可发生于腹部任何部位，局限性或弥漫性。疼痛性质多样、程度各异，但不会进行性加重。极少于睡眠中发作。
2、腹泻：
（1）持续性或间歇性腹泻，粪量少，呈糊状，含大量黏液，但无血液，镜检大致正常；
（2）禁食72h后症状消失；
（3）夜间不出现，有别于器质性疾患；
（4）约1/4患者可因进食诱发；
（5）不少患者有腹泻与便秘交替现象。
3、便秘：排便困难，大便干结、量少，可带较多黏液。便秘可间断或与腹泻相交替，常伴排便不尽感。早期多为间断性，后期持续存在，甚至长期依赖泻药。
4、腹胀：白天较重，尤其在午后，夜间睡眠后减轻，腹围一般并不增大。
二、其他症状
1、非结肠源性症状和胃肠外症状：近半数患者有胃灼热、早饱、恶心、呕吐等上胃肠道症状，疲乏、背痛、头痛、心悸、呼吸不畅、尿频、尿急、性功能障碍等胃肠外表现较器质性肠病显着多见。部分病人尚有不同程度的心理精神异常表现，如焦虑、抑郁、紧张、多疑、敌意等。
2、体征：通常无阳性发现。部分患者有多汗、脉快、血压高等自主神经失调表现，有时可于腹部触及乙状结肠曲或痛性肠襻。行乙状结肠镜检时极易感到腹痛，对注气反应敏感，以上现象对诊断有提示性。