治疗的关键在于确定囊肿类型，观察囊肿的危害，轻者不再继续增大者可以进行保守治疗，并发症状严重者应及时进行手术治疗，斟酌手术风险，全切除或部分切除囊肿。如果术前有继发感染，先控制炎症，在进行治疗，术后也要同时进行抗感染治疗，形成脓肿，需要切开引流和抗生素治疗。
一、一般治疗
1、皮脂腺囊肿：一经确诊，均应通过手术完整切除囊肿。手术时应在囊肿粘连的皮肤部位及其导管开口处做一梭形切口，连同囊肿一并摘除，应顺皮纹方向顺行。如已并发感染在四周发生粘连时，应完整摘除。
2、皮样囊肿：同样进行手术彻底切除，囊肿的基底若与骨面紧贴，宜连同该骨膜一并切除，小心谨慎勿伤及脑膜。切除囊肿后，若有骨组织凹陷、缺损或变形等畸形，可根据创口有无沾染或无菌条件，即时或后期进行组织移植，以恢复正常样貌。
3、表皮样囊肿：争取全切除，因为囊肿包膜是生长最活跃的部分。对于囊肿与血管及其他重要结构黏连的较严重者，没有必要冒极大的风险，可留下一部分囊肿壁。对于部分切除的手术，应清除囊肿内容物并避免溢出，同时保护好周围脑组织，用生理盐水冲洗，防止或避免术后脑膜炎的发生。
4、腱鞘囊肿：保守治疗是通过挤压或锤击，使腱鞘囊肿破裂，逐渐自行吸收，但是治疗后可能复发，与关节腔相同者不易破裂。或采用穿刺抽出囊液，注入醋酸氢化可的松或透明质酸酶，有一定疗效。以上保守治疗都无效时，采用手术切除腱鞘囊肿。
5、抗感染治疗：手术前出现红、肿、热、痛等感染症状，应先控制感染，再安排手术。术后应该继续使用抗生素及热敷等进行抗感染治疗，术后服用消炎药一周。
二、药物治疗
若术前出现红、肿、热、痛等感染症状，应先控制感染，再安排手术。术后应该继续使用抗生素及热敷等进行抗感染治疗，术后服用消炎药一周。
三、手术治疗
1、皮脂腺囊肿：一经确诊，均应通过手术完整切除囊肿。手术时应在囊肿粘连的皮肤部位及其导管开口处做一梭形切口，连同囊肿一并摘除，应顺皮纹方向顺行。如已并发感染在四周发生粘连时，应完整摘除。
2、皮样囊肿：同样进行手术彻底切除，囊肿的基底若与骨面紧贴，宜连同该骨膜一并切除，小心谨慎勿伤及脑膜。切除囊肿后，若有骨组织凹陷。缺损或变形等畸形，可根据创口有无沾染或无菌条件，即时或后期进行组织移植，以恢复正常样貌。
3、表皮样囊肿：争取全切除，因为囊肿包膜是生长最活跃的部分。对于囊肿与血管及其他重要结构黏连的较严重者，没有必要冒极大的风险，可留下一部分囊肿壁。对于部分切除的手术，应清除囊肿内容物并避免溢出，同时保护好周围脑组织，用生理盐水冲洗，防止或避免术后脑膜炎的发生。
4、腱鞘囊肿：若采用穿刺抽出囊液，注入醋酸氢化可的松或透明质酸酶治疗无效时，需要采用手术切除腱鞘囊肿。