先天性食管闭锁和食管气管瘘病例未经治疗出生后数日即死亡，因此明确诊断后即应尽早施行手术，纠治畸形。治疗周期一般为7~10天，也可辅以药物治疗。常用的药物有阿莫西林、头孢克洛等。
一、一般治疗
1、置病儿于半坐位，可减少胃液溢流入呼吸道的危险。
2、于上段食管腔内放入细导管，持续负压吸引，或经常吸除口腔分泌物，以预防或减少口腔分泌物被吸入肺内。
3、肺部炎症或肺不张病例，需维持通气功能和给予氧吸入。
二、药物治疗
1、补液，纠正脱水和电解质平衡：先天性食管闭锁和食管气管瘘患儿因为进食困难，易导致脱水，因此应补充适量的生理盐水和电解质溶液，如氯化钠、葡萄糖溶液、氯化钾、氨基酸等，纠正患儿的脱水状态和电解质失衡。
2、抗生素：阿莫西林、头孢克洛等防止吸入性肺炎，保持正常体温。
三、手术治疗
1、经胸膜腔内食管重建术：手术治疗的目的是重建食管的连续并切断食管气管间的痿管，经胸膜腔内食管重建术可获得良好的暴露并减少术后并发胸壁畸形的可能。
2、经胸膜外食管重建术：该术式的特点是不进胸膜腔，对患儿的呼吸功能影响小，肺部井发症亦较少，如术后并发吻合口瘘可于局麻下切开引流，无并发脓胸之忧虑。同时减轻患儿的负担和死亡率。因为新生儿的胸膜极薄，易于破损，不易分离，故最大的缺点是操作困难，不易显露和手术时间延长。
3、胸腔镜治疗：胸腔镜下手术治疗先天性食管闭锁创伤小，镜下放大的手术视野更清晰，远期胸廓不会发生畸形，更具美容效果；手术对肺的影响小，有利于术后恢复等优点。因此，越来越多的外科医生趋向于采用这一微创手术方式。