辅助生殖技术操作后肠道损伤的处理方式取决于损伤的部位、范围、腹腔污染程度、炎症粘连状况，轻症者选择保守治疗，并严密观察患者病情，严重腹膜炎患者可以进行开腹手术。
一、药物治疗
1、平衡盐溶液：平衡盐溶液是溶液中电解质含量与血浆内含量相仿的盐溶液称为平衡盐溶液。例如乳酸钠和复方氯化钠溶液，可以补充因呕吐损失的体液。
2、去甲肾上腺素：本品作为急救时补充血容量的辅助治疗，以使血压回升。本品强烈的血管收缩可以使重要脏器器官血流减少，肾血流锐减后尿量减少，组织供血不足导致缺氧和酸中毒;持久或大量使用时，可使回心血流量减少，外周血管阻力升高，心排血量减少，后果严重。
3、抗生素：预防感染血管损伤的感染，可以术后使用抗生素抗感染治疗，若怀疑患者有腹腔感染，穿刺抽出液体，则需要送至实验室进行分泌物培养，以便于选择针对性的抗生素对其进行控制。需要早期使用抗菌药，如阿莫西林、左氧氟沙星药物预防感染，菌药物的剂量一般按体重计算，还要结合年龄和肾功能、感染部位而综合考虑。如老年人肾功能趋向衰退，禁用或者慎用有肾损害的药物，使用一般药物量，都有过量的危险。
二、手术治疗
对于辅助生殖技术操作后血管损伤患者出现发热、腹痛，伴有腹膜刺激征，短时间内腹痛范围迅速增大，通过B超等检查及穿刺穿出肠内容物的患者，可以采用开腹手术，检查并修补损伤肠管。如果发现较早、腹腔污染尚可,也可一次修补缝合,或彻底游离破裂段肠管做吻合,不必做造瘘，若诊断过晚、创面过大、腹腔污染重、患者一般情况差,则不宜勉强单纯行肠修补或吻合,可在修补缝合或吻合后，加做造瘘术,二期回纳肠管瘘口。一般不选择肠切断肠造瘘、二期肠吻合这样的术式。