慢性呼吸衰竭一般是由慢性基础疾病引起的，通常需要长期治疗，以改善临床症状，提高患者生活质量，治疗原则是治疗病因，去除诱因，保持呼吸道通畅，纠正缺氧，解除二氧化碳潴留，治疗与防止缺氧和二氧化碳潴留所引起的各种症状。本病常用的治疗措施有药物治疗、手术治疗、机械通气治疗等。
一、一般治疗
1、保持呼吸道通畅：对于任何类型的呼吸衰竭，保持呼吸道通畅是最基本、最重要的治疗措施。保持气道通畅主要方法有：若病人昏迷，应该使病人处于仰卧位，头后仰，托起下颌，并将口打开；清除气道内分泌物以及异物；若以上方法不能奏效，必要时应该建立人工气道。
2、氧疗：常见的氧疗方式有鼻导管吸氧、面罩吸氧等。可以增加肺泡内氧分压以及纠正机体低氧血症。
3、维持水电解质、酸碱平衡：加强液体管理，防止血容量不足和液体负荷过大，保证血细胞比容在一定水平，对于维持氧输送能力和防止肺部水过多具有重要意义。注意在纠正呼吸性酸中毒时，应该同时纠正潜在的代谢性碱中毒，通常给于病人盐酸精氨酸和补充氯化钾。
二、药物治疗
1、抗生素：慢性呼吸衰竭急性加重的常见诱因是感染，一些非感染因素诱发的呼吸衰竭也容易继发感染。常用的抗生素有头孢哌酮、哌拉西林等。头孢哌酮、哌拉西林适用于细菌感染引起的或者诱发慢性呼吸衰竭，能够有效地杀灭革兰阳性菌如金黄色葡萄球菌、表皮葡萄球菌以及革兰阴性菌如、克雷伯氏菌属。肝肾功能极度低下的人群，慎用此药。使用头孢哌酮期间禁止自行停药、禁止饮酒。
2、沙丁胺醇：用于缓解支气管痉挛、扩张支气管，缓解机体缺氧症状，改善呼吸困难。适用于慢性阻塞性肺疾病、支气管哮喘等疾病引起的慢性呼吸衰竭。对于沙丁胺醇过敏的患者禁用此药，不得用于预防非复杂性早产或者先兆性流产。
3、盐酸氨溴索：能刺激呼吸道界面活性剂的形成及调节浆液性与粘液性的分泌，可同时改进呼吸道纤毛区和无纤毛区的消除作用，降低痰液及纤毛的粘着力，进一步使痰液容易咳出，且减轻咳嗽现象。适用于痰液较多或者不易排出的人群。妊娠妇女头3个月禁用此药。
4、布地奈德：属于糖皮质激素，能够抑制嗜酸性粒细胞在气道的集聚、抑制炎症因子的生成和介质释放、增强平滑肌细胞β2受体的反应性，能够有效地扩张支气管，改善呼吸困难等症状。布地奈德还有雾化用的悬浊液制剂，作用迅速。适用于慢性阻塞性肺疾病、支气管哮喘等疾病引起的慢性呼吸衰竭。孕妇以及哺乳期妇女慎用。
5、沙美特罗：能够有效地扩张支气管，缓解支气管痉挛，改善呼吸困难症状。适用于慢性阻塞性肺疾病、支气管哮喘等疾病引起的慢性呼吸衰竭。对于此药过敏的患者禁用。
6、呼吸兴奋剂：慢性呼吸衰竭病人在病情需要时可服用呼吸兴奋剂尼可刹米，该药可以刺激颈动脉体和主动脉体的化学感受兴奋呼吸中枢，增加有效通气量。用于中枢性呼吸抑制引起的慢性呼吸衰竭。抽搐以及惊厥患者禁用。
三、手术治疗
气管切开术：当慢性呼吸衰竭的患者急性加重时，威胁患者生命，可采取气管切开术，迅速恢复呼吸道通畅，挽救患者生命。局麻后沿颈部前正中，自甲状软骨下缘接近胸骨上窝处切开皮肤和皮下组织，然后插入气管导管。适用于喉部阻塞、下呼吸道分泌物潴留、异物堵塞气管引起的呼吸困难。当患者张力性气胸、低血量休克、肺大疱、大咯血时禁用。术后必须每日清洁和消毒一次，更换内管和吸痰应该严格无菌操作。
四、其他治疗
1、正压机械通气：根据病情选用无创通气或者有创通气。慢阻肺急性加重早期及时应用无创通气可以防止呼吸功能不全加重，缓解呼吸机疲劳，减少后期气管插管率，改善预后。
2、建立气道：在氧疗和改善通气之前，必须采取各种措施，使呼吸道保持通畅。如用多孔导管通过口腔、咽喉部，将分泌物或胃内反流物吸出。痰黏稠不易咳出，用溴己新喷雾吸入，亦可保留环甲膜穿刺塑料管，注入生理盐水稀释分泌物，或用支气管解痉剂β2兴奋剂扩张支气管，必要时可给予肾上腺皮质激素吸入缓解支气管痉挛；还可用纤支镜吸出分泌物，如经上述处理效果差，则采用经鼻气管插管或气管切开，建立大工气道。
3、纠正酸碱失衡和电解质紊乱：慢性呼吸衰竭时常伴有呼吸性酸中毒、代谢性酸中毒在治疗过程中如长期或大剂量使用利尿剂又易发生低钾、低氯血症，产生代谢性碱中毒，机械通气时如通气过度、CO2排出过多可发生呼吸性碱中毒，呼吸性酸中毒治疗以改善通气为主；代谢性酸中毒、可静脉滴注适量碱性药物(常应用5%碳酸氢钠100~150ml静脉滴注)；低钾、低氯血症时，应及时补钾、补氯(可静脉滴注复方生理盐水)。