目前来说还没有明确的定论说明转基因大豆对人体有害，先需要明确转基因大豆和普通大豆的区别就是蛋白质成分中EPSP合酶的蛋白质含量更多，从食品安全角度出发，原则上对人体是无害的，但是转基因大豆里添加了饱和脂肪基因，进入人体后，很容易增加血液的粘稠度，血液浓度增加，便很容易引发高血脂、脂肪肝、脑血栓等疾病。
自然大豆是大自然选择的结果，食用起来更让我们放心，对于一些人来说，转基因大豆会造成食物过敏，甚至还会对以前并不过敏的食物产生过敏。转基因的处理很可能会改变大豆原有的营养结构，从而影响它的营养价值。