自主性高功能性甲状腺腺瘤的治疗主要是根据患者的具体情况选择相应适合的治疗方法，首选手术治疗，其它主要包括一般治疗、药物治疗碘131放免治疗等，少数需要长期持续性药物治疗。
一、药物治疗
一般不作为单独的治疗手段，多为手术或放射治疗前的辅助治疗。
1、降心率药：1、β受体阻滞剂：β受体阻滞剂是能选择性地与β肾上腺素受体结合，从而拮抗神经递质和儿茶酚胺对β受体的激动作用的一种药物类型。可减少心脏病、心律失常发作风险，也可一定程度抑制T4转化为有活性的T3。有气管痉挛性哮喘史、症状性低血压、心动过缓或二度Ⅱ型以上房室传导阻滞的患者慎用。
2、抗甲状腺功能亢进药：1、咪唑类：甲巯咪唑又称他巴唑。其作用机制是抑制甲状腺内过氧化物酶，从而阻碍吸聚到甲状腺内碘化物的氧化及酪氨酸的偶联，阻碍甲状腺素(T4)和三碘甲状腺原氨酸(T3)的合成。抑制B淋巴细胞合成抗体，降低血循环中甲状腺刺激性抗体的水平，使抑制性T细胞功能恢复正常.适用于各种类型的甲状腺功能亢进症，哺乳期妇女禁用，孕妇慎服。
2、硫氧嘧啶类：丙基硫氧嘧啶又称丙嘧。用于各种类型的甲状腺功能亢进症，尤其适应于病情较轻，甲状腺轻至中度肿大患者；青少年、儿童、老年患者；甲状腺手术后复发，又不适于放射性碘131治疗者以及手术前准备；作为碘131放疗的辅助治疗等。但是要注意严重肝功能损害，白细胞严重缺乏，对硫脲类药物过敏者禁用。孕妇慎用，哺乳期妇女禁用。
3、甲状腺片：可以减少高功能腺瘤周围正常组织的摄碘量，是为碘131术前准备的辅助治疗手段，适用于各种原因引起的甲状腺功能减退症。心绞痛、冠心病和快速型心律失常者禁用。
二、手术治疗
手术切除腺瘤是首选方法，切除功能自主性甲状腺腺瘤后，往往能迅速解除TSH对周围正常甲状腺组织的抑制作用，可以迅速恢复正常功能。术前不必用碘剂准备，因为甲状腺并无弥漫性血管增多。对甲亢症状严重者可先用抗甲状腺药物或普萘洛尔做术前准备。
1、手术治疗适应证：年龄40岁以上人群；有手术禁忌证或拒绝手术者；伴有明显甲亢及甲亢心脏病；仅热结节显像而周围甲状腺组织不显像。
2、相对适应证：结节超过100ｇ或热结节内有冷区；热结节外甲状腺组织未被完全抑制而轻微显像，首选手术法。年轻患者要首选手术，选择治疗碘131剂量很大。
3、腺瘤摘除：目前多不主张，因为术后的并发症发生率较高，而且因为热结节也有甲状腺癌的可能。
4、腺叶次全切除：对甲状腺腺叶进行大部分切除，对某些甲状腺癌，即使采用术中冰冻切片检查也可能会误诊，只有术后的连续石蜡切片才能诊断。对这些病例，若初次手术已行腺叶切除，一般不需要再扩大手术范围。
5、一侧腺叶全切除：对甲状腺单侧腺叶进行全部切除。部分毒性腺瘤病人在主要结节之外还存在有小的自主功能结节，若仅行大结节的摘除，遗留的小的自主功能结节若干年后可再产生毒性症状，再次手术就会有较高的并发症发生率。因此，对于这种病人初次手术即应选择一侧腺叶切除或次全切除为好。
三、放射治疗
放射碘治疗：无手术条件的患者、有多发性结节者、老年患者、有手术禁忌或不愿手术者，可以采用放射性碘131治疗。对碘的剂量相较Grayes病要大，因此现在多数主张一个疗程一次大剂量给碘131，以达到破坏甲状腺腺瘤组织的目的，通常疗效比较满。为了避免放射性损伤，可在碘131治疗前数天服用甲状腺粉。
四、其他治疗
超声引导下经皮乙醇注射治疗（PEIT）：在治疗前应经针吸细胞学检查排除外恶性病变，一般并不需要麻醉，安全简便，也没有明显的并发症。对于这种疾病一般并不采用这一种单独使用抗甲状腺药物的治疗方法，因为这种方法不仅治疗时间持续太长，而且效果也并不理想。