早期诊断为治疗成功的关键。治疗应彻底，以免发生转移。可根据肿瘤的大小、组织分化程度、患者年龄和身体状态，选用适当的治疗方案，包括Mohs显微外科、放射疗法、电干燥疗法、光动力疗法、β-胡萝卜素、干扰素和损害内注射氟尿嘧啶、肾上腺素凝胶或博来霉素等。已经转移或晚期患者，可试用顺铂(cisplatin)，多柔比星(阿霉素)或博来霉素(bleomycin)治疗。由于鳞状细胞癌有转移性，危及生命，因此治疗必须彻底。治疗方法较多，但在病情允许的情况下，仍以早期手术切除效果较好。
一、药物治疗
局部用药：以皮癌净为主，中西医综合治疗皮肤癌取得了较好效果的报导。也有外用三氯醋酸、足叶草脂或氟尿嘧啶软膏者，但因其可靠性不易掌握，容易复发。
二、手术治疗
1、传统手术：头皮鳞癌宜采用一次手术切除。对于病损较小、分化良好的肿瘤应首选手术切除，一期缝合。病损范围较大者，切除后应做皮瓣转移或植皮术。切除时至少应包括周围0.5～1.0cm的正常皮肤，应深达皮下脂肪层或筋膜层，原则是尽可能作广泛根治。未侵及颅骨者，作头皮全层切除，已侵犯颅骨者应切除颅骨并扩大到正常颅骨1cm，若已累及板障和内板，则切除范围还应更大些。缺损颅骨范围不大者，一般不作修补。头皮作松解转移皮瓣缝合，缺损较大者作植皮术。切除组织应做病理检查，以明确是否切除干净。如果未发现淋巴结转移，一般不做预防性淋巴结切除。此法能较彻底地一次切除癌肿，创面愈合快。缺点是，对发生在暴露部位或较大的癌肿经切除后，瘢痕常会影响美容和功能。 晚期鳞癌，有较深浸润或已发现有淋巴转移时，除广泛彻底切除局部病灶外，还需作区域性淋巴清扫术。手术前后还应考虑采用全身性化疗，或区域性灌注法化疗。
2、Mohs外科手术：适用于体积较大，部位较深的皮损。复发率低。本法在国外已较广泛采用，但因费时、费力，在我国尚未被普遍采用。
三、放射治疗
1、X线治疗：根据病灶大小、深浅来决定剂量与疗程，分区治疗比较安全，大多不影响外观和功能。小于2cm并相当浅的病灶可采用2～3周短疗程的接触分区治疗；直径小于5cm而厚度不超过0.5cm的采用中度X线、2～3周或3～5周的长疗程分区治疗；大于以上面积或超过以上厚度的病灶采用深度X线、3～5周的分区疗法。接触治疗用50kV；中度X线治疗用120～140kV；深度X线治疗用160～180kV。分区治疗按以上条件给予2、3、4Gy，少数为5Gy。总剂量为45～60Gy。
2、镭治疗：同X线治疗。虽较X线治疗操作繁琐，但对某些特殊部位如手背或足部等则有其优越性。
四、化学药物治疗
全身用药：肌肉或静脉注射博来霉素(争光霉素)，1次/d，每次15mg，总量为600～900mg。对于已有转移的鳞状细胞癌以顺铂、多柔比星(阿霉素)联合治疗效果最好。全身用药反应较大，故作为辅助治疗。
五、中医治疗
1、脾虚型：宜健脾利湿、软坚化痰。可以选择使用白术、白扁豆、怀山药、苡仁、猪苓、僵蚕、土茯苓、白芥、草河车、夏枯草、瓜蒌、白花蛇舌草。大便溏泻加茯苓、党参；有继发感染时加双花炭；肿块坚硬者加牡蛎、丹参；疼痛者加元胡，气虚时加黄芪。亦可用人参健脾丸或散结灵同服。或加服西黄丸，醒消丸。
2、肝郁型：法宜疏肝理气，通经活络，化瘀散结。方用逍遥散加丹参、红花、三棱、莪术，疼痛明显时加元胡，胸闷时加厚朴，发热者加芦根、板蓝根，也可服用逍遥丸，大黄蛰虫丸，或加服西黄丸。
3、局部治疗：未破者可用芙蓉膏，麝香回阳膏外贴。破溃久不敛口者可用紫色疽疮膏加化毒膏等量混匀外用，如农吉利、皮癌净可试用。
六、其他治疗
1、淋巴结清扫术：鳞癌手术切除后的选择性区域淋巴结清扫术(ERND)很难决定。如下唇部鳞癌，在扪出有淋巴结组，和未能扪出淋巴结而进行预防性清扫组比较时，二组无显著区别。故此，预防性清扫不是最必需的选择，而应依据患者的年龄、癌的发生部位、浸润程度和癌细胞分化程度作出最佳决策。
2、冷冻治疗：利用液氮等接触皮损，使瘤组织冻融而发生破坏。本法不用麻醉，操作简便，有报告治愈率可达80%以上。但冷冻后皮损处多发生水肿，愈合较慢。
3、激光治疗：适用于小而浅表病灶。利用二氧化碳激光束的高温破坏肿瘤组织，仅用于老年体衰，不能接受手术的患者。 近年来应用激光和血卟啉衍生物相结合来诊断和治疗鳞癌，取得了较好疗效。它是将此种光敏剂(HpD)注入人体后，借助于一定波长的激光去活化光敏剂，使它产生光动力反应，以达到确定肿瘤部位和消灭癌瘤的目的。