逆行射精的病因有多种，任何干扰膀胱颈的解剖功能或者阻断下泌尿道的交感神经的因素，均可以造成膀胱颈部和尿道内括约肌的功能失调，使精液逆流到膀胱，可以参考以下几方面：
第一、先天性疾病，包括先天性宽膀胱颈、尿道瓣膜症、膀胱憩室等，引起尿道内口括约肌功能失调，导致逆行射精。先天性脊柱裂会影响下泌尿道交感神经的功能，导致逆行射精。
第二、尿道病变，严重外伤性尿道狭窄或者炎症性尿道狭窄，也可以因长期排尿梗阻，引起尿道内口括约肌无张力或者扩张，导致精液逆流。
第三、其他疾病的影响，比如有巨大膀胱结石的病人，长期持续用力排尿，可以引起膀胱括约肌功能过度失代偿，最后丧失收缩能力。脊髓损伤可造成膀胱括约肌交感神经供应中断，糖尿病可以引起交感神经病变，影响膀胱颈的关闭，造成逆行射精。
第四、手术损伤，在进行尿道、前列腺膀胱手术时，可能损伤了膀胱颈以及神经末梢。另外，双侧腰交感神经节切除后、直肠癌切除术、盆腔淋巴结清扫术、腹主动脉瘤切除术后均可造成逆行射精。
第五、药物因素，肾上腺素受体阻滞剂可以阻断交感神经的功能，引起逆行射精，例如胍乙啶、利血平。
因此，逆行射精的病因大部分是器质性的，很少出现特发性、原因不明的逆行射精症状。
