胃肠功能紊乱也叫功能性胃肠道疾病，包括功能性消化不良、肠易激综合征和功能性便秘，治疗上主要分一般治疗和药物治疗。一般治疗先要帮助患者认识理解病情，提高患者应对症状的能力，指导其改善生活方式，调整饮食结构和有规律的饮食习惯，避免烟、酒。
药物治疗主要是对症治疗，如果病人出现上腹痛综合征的患者，可以给予抑酸药物，如H2受体拮抗剂或者是质子泵抑制剂。患者如果出现早饱和餐后饱胀不适，可以应用促动力药物，如甲氧氯普胺、多潘立酮、莫沙必利、伊托必利等。如果病人查幽门螺杆菌阳性，建议病人系统抗幽门螺杆菌治疗，可以加用胃黏膜保护剂，如复方谷氨酰颗粒、康复新液、铝碳酸镁等。
在药物治疗的基础上，应该采取精神心理调整，它是治疗的基础。对抑酸和促动力药治疗无效，且伴有明显精神心理障碍的患者，可以选择三环类抗抑郁药物。如果病人有肠易激综合征的表现，就是腹痛、腹泻或者便秘交替这种现象，可以针对病人给予止泻或者是促进排便的治疗。
如果病人出现功能性便秘，也就是素天排便费力或感觉排便有便意感但是排不出，大便干结或者大便变硬，这样可以促进排便治疗，首先给促进肠动力药物，如莫沙必利，也可以用软化大便的药物，如乳果糖、甘露醇等。如果排便仍然很费力，出现肛门崁顿的现象，可以给予灌肠治疗。
