畸胎瘤的治疗取决于病变的位置和病变的类型，手术治疗成熟畸胎瘤具有较好的效果，未成熟畸胎瘤属于恶性病变，手术治疗后仍要进行化疗杀灭体内的癌细胞。
一、手术治疗
1、卵巢切除术：无生育要求、年老的患者还有绝经后的女性可以选择卵巢切除术。卵巢切除术不会出现恶变，个别稍年轻的患者会出现外形憔悴、情绪难以自控、容易激动、发无名火、事后常后悔等症状，有的还有头痛、头晕、耳鸣、白天困倦无力、面部容易潮红、忽冷忽热、手脚发麻等诸多不适感觉产生。
2、卵巢肿瘤剥除术：年轻患者应行肿瘤剥除术，以保留正常组织。保存了女性的生育能力，有生育要求的患者应当实行剥除术将病变部位摘除。
3、全面分期手术：没有生育要求的患者实行全面分期手术，对复发者仍主张积极手术。对于早期的恶性的畸胎瘤患者可以保留生育功能，但是如果肿瘤有扩散就需要手术扩大范围，包括子宫以及对侧的卵巢都要切除。
二、放射治疗
卵巢未成熟畸胎瘤很少应用放射线进行治疗，因其会破坏患者卵巢功能，只有经过化疗后尚有持续性局限性病灶存在情况下才被使用。
三、化学药物治疗
畸胎瘤一般使用化学药物治疗，常见以下几种：
1、依托泊苷：有心、肝、肾的严重障碍者不能够使用依托泊苷，使用依托泊苷要注意监测血常规，注意监测血象是否有骨髓抑制的情况发生。
2、顺铂：适用于未成熟的畸胎瘤患者，顺铂的肾毒性可能比较大，应用过程中需要注意水化、利尿，还有保肾等治疗。
3、博来霉素：严重肺疾病患者、肾功能不全患者、水痘患者、发热患者、严重心脏病患者禁用。肺部接受放射治疗及肺功能不全患者慎用，可有轻微骨髓抑制，少数患者有食欲缺乏、恶心，少见呕吐、腹痛、口腔炎。
4、联合治疗方案：1、EP方案的主要的化疗药物包括卡铂、依托泊苷。
2、PVB方案的主要的化疗药物包括顺铂、长春新碱、博来霉素。
3、VAC方案的主要的化疗药物包括长春新碱、放线菌素D、环磷酰胺。