细菌性阴道炎合并有霉菌性阴道炎时，治疗方法是根据病原菌的种类来选择不同的治疗方法。细菌性阴道炎是由厌氧菌感染所导致，主要是以加德纳菌等厌氧菌感染为主，所以治疗方法是以抗厌氧菌为主，主要包括甲硝唑和克林霉素等。其中甲硝唑是一种比较理想的治疗药物，在进行抗厌氧菌治疗的同时，也不影响乳酸杆菌的生长，所以女性患者患有细菌性阴道病首选甲硝唑进行治疗，可以选择全身用药，也可以选择局部用药。两种用药方法和措施没有明显的差别，治愈率都可以达到90%左右。
而霉菌性阴道炎是由于假丝酵母菌感染所导致，一般有诱发原因，比如糖尿病、妊娠或者使用广谱抗生素等，这些诱因导致假丝酵母菌大量繁殖，表现为酵母相转化为菌丝相，从而出现阴道炎症。治疗上要消除诱因，同时选择局部或者全身应用抗真菌药物，根据患者的临床分类，决定疗程的长短，单纯的霉菌性阴道炎可以选择局部短疗程抗真菌药物为主。而对于复发性的霉菌性阴道炎，无论是局部用药还是全身用药，均需要延长治疗时间，局部用药包括咪康唑栓、克霉唑栓以及制霉菌素栓，全身用药包括氟康唑和伊曲康唑等，同时性伴侣也要接受治疗。所以对于霉菌性阴道炎合并有细菌性阴道炎时，两种用药都要进行选择，并且需要规范地按疗程进行治疗。
