复发性流产的病因十分复杂，主要包括遗传因素、解剖因素、内分泌因素、感染因素、免疫功能异常、血栓前状态、孕妇的全身性疾病及环境因素等。妊娠不同时期的复发性流产，其病因有所不同，妊娠12周以前的早期复发性流产多由遗传因素、内分泌异常、生殖免疫功能紊乱及血栓前状态等所致。妊娠12~28周之间的晚期复发性流产多见于血栓前状态、感染等。
一、主要病因
1、遗传因素：遗传因素包括夫妇染色体异常和胚胎染色体异常，2%~5%的复发性流产夫妇中至少一方存在染色体结构异常，包括染色体易位、嵌合体、缺失或倒位等，胚胎或胎儿染色体异常是复发性流产最常见的原因。
2、解剖结构因素：子宫解剖结构异常包括各种子宫先天性畸形、子宫颈机能不全、宫腔粘连、子宫肌瘤、子宫腺肌症等。未经治疗的子宫畸形妇女再次妊娠时流产率或早产率将显著升高，子宫颈机能不全是导致晚期自然流产的重要原因。
3、内分泌因素：女性内分泌功能异常(如黄体功能不全、高催乳素血症、多囊卵巢综合征等)，甲状腺功能减退、糖尿病血糖控制不良等，均可导致流产。
4、感染因素：任何能够造成菌血症或病毒血症的严重感染均可以导致偶发性流产，然而生殖道各种病原体感染及TORCH(弓形虫、风疹病毒、巨细胞病毒、单纯疱疹病毒)感染与复发性流产的发生虽有一定相关性，但不一定存在因果关系。细菌性阴道病是晚期流产及早产的高危因素，但与早期流产的关系不明确。
5、免疫因素：包括自身免疫功能异常和同种免疫功能功能异常。前者主要发生在抗磷脂抗体、抗β2糖蛋白抗体、狼疮抗凝血因子阳性的患者，临床上可仅表现为自然流产，甚至复发性流产，也可同时存在有风湿免疫性疾病(如系统性红斑狼疮等)；后者包括固有免疫紊乱(自然杀伤细胞数量及活性升高、巨噬细胞功能异常、树突状细胞功能异常、补体系统异常等)和获得性免疫紊乱(封闭抗体缺乏、TB淋巴细胞异常、辅助性T淋巴细胞因子异常等)。
6、患者的血栓前状态：妊娠期高凝状态使子宫胎盘部位血流状态改变，易形成局部微血栓甚至引起胎盘梗死，使胎盘组织的血液供应下降，胚胎或胎儿缺血缺氧，最终导致胚胎或胎儿的发育不良而流产。遗憾的是，存在血栓前状态的妇女并没有明显的临床表现，其血液学检查也没有明确的诊断标准。
二、诱发因素
复发性流产可能有以下诱因：
1、不良环境因素：例如有害化学物质的过多接触、放射线的过量暴露等。
2、不良心理因素：例如精神紧张、情绪消极抑郁以及恐惧、悲伤等，各种不良的心理刺激都可以影响神经内分泌系统，使机体内环境改变，从而影响胚胎的正常的发育。
3、过重的体力劳动、吸烟、酗酒、饮用过量咖啡、滥用药物及吸毒等不良嗜好。