感染性心内膜炎的治疗分为药物治疗和手术治疗两个部分：
1、药物治疗的原则是静脉给药，早期治疗、长程治疗、联合用药，保持高血药浓度，首选杀菌药物。抗感染治疗应该使用抗生素至少是4-6周，如果血培养持续阳性或者有并发症，疗程可延长到8周，抗生素需要浓度应该保持在杀菌水平的8倍以上，以血培养和药敏的结果指导具体抗生素选择。如果没有药品的情况下，经验性的选择包括青霉素、头孢类以及万古霉素联合氨基糖苷类。对于细菌培养阴性，早期的人工瓣膜心内膜炎，应该选择万古霉素和青霉素，晚期的人工瓣膜心内膜炎可以加用头孢类来对抗。治愈的标准包括使用抗生素4-6周以后，体温和血沉恢复正常，自觉症状改善和消失，脾缩小，红细胞和血红蛋白上升，尿常规转阴。停药的第1周、第2周、第6周做血培养为阴性，这是使用抗生素治疗的原则。关于抗凝方面，除非发生大块的肺梗死，应禁止应用肝素抗凝。如果出现中枢神经系统症状，也不用抗凝剂，如果必须用抗凝药，避免肌肉注射。
2、手术治疗方面，对于抗生素治疗预期效果不佳的高危患者，应该考虑早期进行手术干预，半数的患者必须接受手术治疗。早期手术旨在切除感染物、引流脓肿、修复受损组织，避免心衰进行性恶化和不可逆性的结构破坏，预防栓塞的事件，但是在疾病活动期进行手术的风险是比较大的，因此需要掌握适应症，尽早到专科心脏外科就诊或者是请专业的心脏外科医师进行会诊，然后确定最佳的治疗方案。早期手术的适应症包括心衰、感染控制不佳以及预防栓塞，按照手术的时间可以分为急诊手术、次急诊手术和择期手术。术后抗感染的治疗一般根据血培养的情况，联合应用大量有效抗生素4-6周，防止复发。
