儿童期情绪障碍根据患儿发病有关因素和症状的特征，可采取心理治疗，包括行为疗法、游戏疗法和暗示疗法等，以暗示疗法、行为疗法为主或应用相应药物治疗，剂量由小量开始，必须个体化调整，注意药物副作用。
一、药物治疗
药物治疗对于年长儿童与青少年的治疗与成年人类似，但是治疗6岁以下儿童的情绪障碍很少使用药物：
1、可用苯二氮䓬类药物，如奥沙西泮、劳拉西泮等药物治疗焦虑、恐惧、抑郁等症状。
2、可用选择性5-羟色胺再摄取抑制剂，如舍曲林、艾司西酞普兰等药物治疗抑郁。
3、对于癔症情感暴发或冲动哭闹患儿，可服用羟嗪、小量氟哌啶醇、氯丙嗪等。
二、手术治疗
儿童期情绪障碍通常无需手术治疗。
三、心理治疗
根据患儿发病有关因素和症状的特征，可采取心理治疗，包括支持性心理治疗、行为治疗、认知治疗、家庭治疗、游戏治疗、精神分析治疗。行为治疗、家庭治疗可以适用于各年龄的儿童；认知治疗、精神分析治疗适合于青少年和认知水平较高的大年龄儿童；游戏治疗适合于幼儿，也可以用于年龄偏小的学龄儿童。
1、行为治疗：是治疗情绪障碍中较为经典和有效的方法，治疗原理是以行为学理论、经典条件反射及操作性条件反射原理为理论依据，采用一系列具体而特定的步骤，来消除不良行为，建立适应良好的行为。具体行为治疗方法有多种，要根据情绪障碍的性质来选择合适的行为矫正方法。如强迫症可选用冲击疗法和厌恶疗法，恐怖症可选用脱敏疗法、冲击疗法和示范法，焦虑症选用冲击疗法和脱敏疗法，暴怒发作等选择消退法和暂时隔离法等。
2、认知治疗：是通过采取一系列的策略纠正患儿的错误认知，引导患儿的情感，调整患儿的行为模式，从而改变患儿的情绪反应，控制异常的情绪。
3、家庭治疗：是以整个家庭成员或部分家庭成员为治疗对象，解决与调整家庭内的矛盾与冲突，去除家庭内对儿童情绪异常的不利原因，使儿童的情绪异常得到恢复。由于许多儿童情绪障碍的发生与家庭不良环境有关，使用家庭治疗处理情绪障碍，在一些病例往往能起到良好的效果。
4、游戏治疗：若患儿是年幼儿童，语言表达不完善，思维水平较低，领悟能力有限，不适合认知治疗和精神分析治疗，可以尝试游戏治疗方法。在游戏治疗中，儿童能自由地游戏，情绪得到充分的放松。借用游戏的方法，治疗者能了解儿童的想法，与儿童进行沟通，让儿童自然地表露与疏泄情绪，使情绪障碍得到恢复。