泌尿生殖道沙眼衣原体感染是很常见的性传播疾病，其临床过程常隐匿、迁延，症状轻微。沙眼衣原体感染男性易致尿道炎、附睾炎，感染女性易致尿道炎、盆腔炎，严重时可致不孕不育。
一、典型症状
1、男性感染：50%以上无症状，有症状者可出现下列表现，主要为尿道炎及附睾炎。
（1）尿道炎：潜伏期1～3周，表现为尿道不适、尿痛或有尿道分泌物，尿痛症状比较轻，有时仅表现为尿道轻微刺痛和痒感，尿道分泌物为黏液性或黏液脓性，较稀薄，量较少。
（2）附睾炎：如未治疗或治疗不当，少数患者可进一步引起附睾炎，表现为单侧附睾肿大、疼痛、水肿、硬结，局部或全身发热，硬结多发生在附睾的曲细精管，可触及痛性附睾硬结，有时睾丸也可累及，出现睾丸肿大、疼痛及触痛、阴囊水肿等。
（3）前列腺炎：患者既往有衣原体尿道炎的病史或现患衣原体尿道炎，表现为会阴部及其周围轻微疼痛或酸胀感，伴有直肠坠胀感，可伴有排精痛。体检时前列腺呈不对称肿大、变硬或有硬结和压痛，尿中可出现透明丝状物或灰白色块状物。
（4）关节炎：为少见的合并症，常在尿道炎出现1～4周后发生，为发生于下肢大关节及骶关节等的非对称性、非侵蚀性关节炎。Reiter综合征指除上述病变外，还有眼(结膜炎、葡萄膜炎)、皮肤(环状包皮龟头炎、掌跖角皮症)、黏膜(上腭、舌及口腔黏膜溃疡)等损害。
2、女性感染：70%以上无症状，有症状者可出现下列表现，主要为宫颈炎及尿道炎。
（1）宫颈炎：由于常见无症状感染，所以难以确定潜伏期，可有阴道分泌物异常，非月经期或性交后出血及下腹部不适，体检可发现宫颈充血、水肿、接触性出血("脆性增加")、宫颈管黏液脓性分泌物，阴道壁黏膜正常，拭子试验(将白色拭子插入宫颈管，取出后肉眼可见变为黄绿色)阳性。
（2）尿道炎：可出现尿痛、尿频、尿急，常同时合并宫颈炎，体检可发现尿道口充血潮红，微肿胀或正常，可有少量黏液脓性分泌物溢出。
（3）盆腔炎：如未治疗或治疗不当，部分患者可上行感染而发生盆腔炎，表现为下腹痛、腰痛、性交痛、阴道异常出血、阴道分泌物异常等，急性发病时伴有高热、寒战、头痛、食欲不振等全身症状；病情较轻时，下腹部轻微疼痛，红细胞沉降率稍快。体检可发现下腹部压痛、宫颈举痛，可扪及增粗的输卵管或炎性肿块。病程经过通常为慢性迁延性，远期后果包括输卵管性不育、异位妊娠和慢性盆腔痛。
3、男性和女性共有的感染：
（1）直肠炎：男性多见于同性性行为者，轻者无症状，重者有直肠疼痛、便血、腹泻及黏液性分泌物。
（2）眼结膜炎：出现眼睑肿胀，睑结膜充血及滤泡，可有黏液脓性分泌物。
（3）咽炎：通常无症状，少数出现轻度咽痛。
二、其他症状
若为新生儿感染可出现以下症状：
1、新生儿结膜炎：由患病的孕产妇传染所致，在生后5～12d发生，轻者可无症状，有症状的新生儿表现为轻重不等的化脓性结膜炎，出现黏液性或黏液脓性分泌物，眼睑水肿，睑结膜弥漫性红肿，球结膜炎症性乳头状增生，日久可致瘢痕、微血管翳等。
2、新生儿肺炎：常在3～16周龄发生，表现为鼻塞、流涕，呼吸急促，特征性(间隔时间短、断续性)咳嗽，常不发热，体检发现呼吸急促，可闻及湿啰音。