手足口病脑炎大部分没有后遗症，仅有少数留有神经系统的后遗症。手足口病根据发病机制和临床表现、感染分为5个期：
第一期，手足口出疹期，也就属于手足口病的普通病例，绝大多数病例在此期完全治愈。
第二期，神经系统受累期，感染可发生在中枢神经系统的损害多发生在病程的1-5天，表现为有精神差、嗜睡、易惊、头疼、呕吐、烦躁、肢体抖动、急性肢体无力、颈强直等脑膜炎、脑炎、脊髓灰质炎样综合征、脊髓炎症状和体征，脑脊液检查无细菌脑膜炎的改变，脑脊髓CT扫描可无阳性的发现。核磁共振检查可见异常，此期病例属于手足口病重症型的重病例，大多数病例是可以痊愈的。
第三期，心肺功能衰竭前期。
第四期，心肺功能衰竭期，多发生在起病的5天之内。衰竭期病情继续发展，会出现心肺功能的衰竭，可能与脑干脑炎所致的神经源性的肺水肿、肺功能衰竭有关，多发生在病程5天之内，年龄以0-3岁为主，临床表现有心动过速、呼吸急促、口唇发青、咳粉红色泡沫样痰和血性液体、持续血压降低或休克。这种病例严重的肺功能衰竭为主要表现，肺水肿不明显，频繁抽搐，可伴有意识障碍和中枢神经的循环衰竭，此期属于手足口病重症病例的危重型，病死率较高，能好过来活过来大多数人是可以恢复的。
第五期、体温恢复正常进入恢复期了，对于神经系统受累的症状和心肺功能也逐渐恢复，但少数可以有神经系统的后遗症状，就是少数可以有神经的后遗症。
