后遗症是难以用药物、临床方法进行有效治疗的遗留症状，后遗症是需要继续管理的。脑炎的后遗症常见的有低能、弱智、精神失常、癫痫、长期头疼，以及肢体运动障碍等。这些后遗症有部分可以继续干预，如癫痫需要长期使用抗癫痫药去维持治疗，或者做立体定向寻找癫痫病灶来进行病灶损毁；精神症状需要抗精神异常的药物进行长期维持和治疗；肢体的运动障碍需要对肢体做更多的锻炼、按摩、功能练习，来保证和维持它的功能存在；其他症状，如头痛、脑积水，也可通过手术分流等方法来解决。