脊柱裂的治疗与分型和疾病发现时间有关，对于无症状的隐性脊柱裂一般不需治疗。对于产前发现的脊柱裂根据孕妇及胎儿情况选择产前手术或剖腹产手术，出生后的显性脊柱裂患者均需行脊柱裂修补手术。多数患者治疗周期为4~8周。
一、药物治疗
本病一般无需药物治疗。
二、手术治疗
1、产前手术：适于孕26周前胎儿，通过打开子宫进行胎儿脊柱裂修复，可以有效降低胎儿畸形的概率，但会出现早产、流产的副作用。
2、剖腹产手术：适于伴有囊性膨出的足月胎儿，可以进行剖腹产手术及早治疗，一般没有胎儿及孕妇的生命危险并且可以减少胎儿脊柱裂的症状，但对于胎儿的月份及胎位有一定限制。
3、分型手术：
（1）显性脊柱裂者：几乎均须手术治疗，如囊壁极薄或已破，领紧急或提前手术，其他病例以生后1~3个月内手术较好，以防止囊壁破裂，病变加重。如果囊壁厚，为减少手术死亡率，患儿也可年长后(1岁半后)手术。手术目的是切除膨出囊壁，松解脊髓和神经根粘连，将膨出神经组织回纳人椎管，修补软组织缺损，避免神经组织遭到持续性牵扯而加重症状。对脊膜开口不能直接缝合时，则应翻转背侧筋膜进行修补。包扎力求严密，并在术后及拆除继线后2~3日内采用俯卧或侧卧位，以防大小便浸湿，污染切口。对于长期排尿失常或夜间遗尿或持续神经系统症状加重的隐性脊柱裂，仔细检查后，应予以相应的手术治疗。手术的目的是切除压迫神经根的纤维和脂肪组织。在游离神经根时力求手术细致，或在显微镜下手术，可以避免神经损伤。对于出生时双下肢已完全瘫痪及大小便失禁，或尚伴有明显脑积水的脊髓脊膜膨出，手术后通常难以恢复正常，甚至加重症状或发生其他并发症。脊髓膨出的预后很差，目前尚无理想的手术疗法。患儿多于生后不久即死于感染等并发症。
（2）吻棘症伴有明显腰部后伸痛者：可行手术将棘突尖部截除之。
（3）症状严重并已影响正常工作生活者：应先作进一步检查，确定有无合并腰椎管或根管狭窄症、腰椎间盘脱(突)出症及椎弓断裂等。对有伴发以上者，应以治疗后者为主，包括手术疗法。
（4）浮棘症者：不应轻易施术，单纯的浮棘切除术早期疗效多欠满意，主要由于浮棘下方达深部的纤维组织多与硬膜囊粘连，此常是引起症状的原因。而企图切除此粘连组织多较困难，应慎重。一般在切除浮棘之同时，将黄韧带切开，并翻向两侧。