性别识别障碍患者的治疗一般采用心理治疗，通过专业医生的开导使病人缓解症状。对于部分出现了抑郁症状的病人，则需要采取相应的药物治疗。对于儿童或青少年患者，还应告知家属，改变教育方式。
一、一般治疗
去除诱因：对患者家属进行健康教育，使家属正确的教育、引导患者。避免出现给男孩穿裙子等类似事情的发生，由同性长辈作出好的示范。
二、药物治疗
1、米氮平：本药物用于抑郁症的发作，一般在用药1~2周后起。药物可能会引起嗜睡、体重增加、头晕等不良反应，肝肾功能不全、低血压、心血管疾病、糖尿病患者应当慎用。对本品过敏者禁用。服用本药物期间禁止饮酒。
2、氟西汀：本品适用于抑郁症及其伴随之焦虑，还可用于治疗惊恐状态。可能会引起失眠、恶心、神经紧张、震颤等不良反应，少数患者可能出现皮疹。对本品过敏者禁用。
3、帕罗西汀：是抗抑郁药的一种，可用于治疗抑郁症、社交焦虑障碍等。该药物可能出现的不良反应有体重增加、嗜睡、头痛、情绪不稳定等，对本品过敏者禁用。若需停用该药物时，应逐步减轻剂量，以免发生停药反应。
4、激素治疗：对发生性别识别障碍的患者进行交叉性荷尔蒙治疗，对生理性别为男性的患者使用黄体激素、雌激素以及睾酮阻滞剂进行治疗，对生理性别为女性的患者使用雄激素进行治疗。
三、手术治疗
性别重塑术：对患者进行生理性别进行重塑，主要包括胸部以及生殖器手术，手术前后患者需接受一段时间的激素治疗。性别重塑术无法逆转且可给患者带来巨大的痛苦，患者需考虑清楚，避免做出错误选择。
四、心理治疗
性识别障碍患者的治疗以心理治疗为主：
1、支持性心理治疗：常见的心理治疗手段。针对患者出现的抑郁、焦虑、恐惧等心情，给予疏导、安抚等支持疗法，以缓解患者的心情。
2、认知领悟疗法：运用动力学理论，对患者的症状进行分析。寻找导致目前病态行为产生的早期原因，是患者最终领悟到行为的错误，从而达到治疗目的。
3、厌恶疗法：厌恶刺激与变态观念、行为的反复结合，以达到消除变态观念和行为的目的。