革兰阴性杆菌感染的治疗主要是利用药物进行抗感染治疗，抗感染治疗应综合考虑感染病原菌及其敏感性、感染部位及感染严重程度、患者病理生理状况和抗菌药物的作用特点，选择敏感的抗感染药物。
一、药物治疗
1、甘氨酰环素类：替加环素为首个甘氨酰环素类抗菌药物，碳青霉烯类耐药克雷伯菌属和不动杆菌属对其敏感率分别为98%和90%，嗜麦芽窄食单胞菌对其敏感率为92%，本品对铜绿假单胞菌无抗菌活性。由于组织分布广，血药浓度低，该药不宜单药治疗血流感染等严重感染。
2、多黏菌素类：包括多黏菌素B及多黏菌素E，多黏菌素类对各类具有良好体外抗菌活性，与碳青霉烯类、喹诺酮类、哌拉西林-他唑巴坦、替加环素、多西环素等抗菌药物联合，多表现为协同抗菌作用。
3、β-内酰胺酶抑制剂复合制剂：如舒巴坦及含舒巴坦的合剂，对不动杆菌属具抗菌作用，故舒巴坦合剂对不动杆菌属具良好的抗菌活性。此外，还包括哌拉西林舒巴坦、他唑巴坦、头孢他啶阿维巴坦等。
4、碳青霉烯类：近年来鲍曼不动杆菌对碳青霉烯类抗生素耐药率上升迅速，碳青霉烯类与其他抗菌药物具协同作用，碳青霉烯类常与多黏菌素类、替加环素、磷霉素、利福平等联合应用。
5、氨基糖苷类：氨基糖苷类单用治疗碳青霉烯类耐药肺炎克雷伯菌感染取得较好的疗效，用药期间应密切监测肾功能及尿常规。
6、磷霉素：磷霉素单用可在疗程中出现耐药，通常与多黏菌素类、替加环素、碳青霉烯类、氨基糖苷类等联合治疗。
7、四环素类：米诺环素对鲍曼不动杆菌具良好抗菌活性，米诺环素为少数几个推荐作为治疗嗜麦芽窄食单胞菌感染的抗菌药物之一。
8、喹诺酮类：环丙沙星、左氧氟沙星对铜绿假单胞菌具良好抗菌活性，莫西沙星对嗜麦芽窄食单胞菌的体外抗菌活性，优于环丙沙星和左氧氟沙星。
9、甲氧苄啶-磺胺甲唑：甲氧苄啶-磺胺甲唑对嗜麦芽窄食单胞菌具较好体外抗菌活性，甲氧苄啶-磺胺甲唑为治疗嗜麦芽窄食单胞菌感染的首选药物。
二、手术治疗
本病一般无需手术治疗。