尿道肉阜治疗方法很多，包括药物、手术、冷冻、激光治疗等，如果没有出现相关症状，可不治疗，对于药物治疗没有效果的患者，可采用手术切除治疗方法。
一、药物治疗
目前认为尿道肉阜与雌激素缺乏、局部抵抗力减低及慢性刺激、炎症有关，适当补充体内雌激素水平对治疗改症有很大帮助，雌激素治疗可分为口服或外用治疗。
1、口服药物主要为己烯雌酚，但长期应用可能增加乳腺与子宫内膜癌变的机会。
2、小而症状轻微的尿道肉阜外用雌激素，局部使用雌激素治疗尿道肉阜很快缩小、消退，说明雌激素缺乏可能是尿道肉阜发生的重要因素之一，雌激素治疗一般选用复方己烯雌酚霜剂，将复方己烯雌酚霜剂外用涂于肉阜周围。本方法是局部给药，不良反应小，疗程短，疗效高。
二、手术治疗
对于长期不愈、肉阜体积比较大、经常出血的患者，可电灼、冷冻、激光或手术切除。
1、手术刀环切术是治疗尿道肉阜的经典方法，一般就是对单发肉阜，进行2~11点大半环形切除。这种手术操作简单，能够彻底止血，但是该方法不适用于治疗较大肉阜。
2、经尿道直视下电切术，这种方法可以完整地切除肉阜蒂部，一般是用橡皮筋将5号长针头固定在电刀头的前部，这样就会成为针状电刀头，在电切除病灶时会更加精细、更加彻底，同时热传导的范围较小，可以避免损伤周围的正常组织，而且手术效果也比较好，能够有效减少手术并发症。
三、中医治疗
可以采取中药方式进行治疗，一般在手术之后，使用中药坐浴，这样可以达到活血化瘀以及收敛生肌效果，还可以进一步促进创面的愈合。