甲减的发病原因很复杂，碘缺乏、先天甲状腺激素不足、慢性炎症、外科手术、药物副作用都会导致甲减。不同的是，不同病因造成的甲减，严重程度是不一样的。大体分为可逆和不可逆两种情况。
一、可逆性甲减（甲状腺暂时性损伤）：
1、碘缺乏：我国大部分地区的水土仍缺碘。如果不能及时补碘，就容易造成碘缺乏。另外，孕妇要承担母体和胎儿的双重碘需求，也容易发生碘缺乏；
2、药物副作用：治疗心律失常的胺碘酮、治疗神经症的锂剂、治疗肢端肥大症的奥曲肽、治疗糖尿病的二甲双胍、治疗病毒性肝炎的干扰素、抗癌药伊马替尼等药物都对甲状腺功能有一定的影响；
3、病毒感染：病毒感染，也会诱发甲减。比如感冒，流感病毒入侵甲状腺，导致亚急性甲状腺炎。甲状腺暂时丧失分泌激素的功能，造成一过性的甲减。
二、不可逆甲减（甲状腺永久性损伤）：
当甲状腺完全丧失了分泌激素的功能，就会造成永久性损伤，此时发生的甲减是不可逆的。造成甲状腺永久性损伤的原因包括各种原因进行的甲状腺切除手术，甲亢患者进行的放射碘治疗，甲状腺自身免疫性炎症。
