抗生素已经显著降低了人们的发病率和死亡率，是一类有价值的，能拯救人类生命的药物。但是抗生素也可能会由于它们的脱靶效应导致意想不到的后果，可能增加许多长期疾病的风险。

最近的流行病学研究已经发现，在儿童中使用抗生素与体重增加之间可能存在联系，这极有可能是因为抗生素破坏可正常的肠道菌群而引起。婴儿期是人类菌群发展的一个重要时期，这些研究提供的证据显示，过早的使用抗生素可能会打破早期菌群平衡，导致生长和代谢的改变。

长期滥用抗生素以及偶尔的不合理用药(如自我药疗、病毒感染使用、对中性粒细胞减少的癌症患者经验性使用广谱抗生素)已经成为细菌耐药的主要原因。但是很显然，抗生素也能影响到肠道需要的菌群以及要根除的菌群，这样的情况会对健康产生严重的长期不良后果。

肠内的菌群由亿万微生物细胞组成，这些菌群有许多重要的免疫、内分泌和代谢功能。破坏正常定植(通过抗生素滥用)，可能极大增加了诸如肥胖、1型糖尿病、炎症性肠病，过敏和哮喘等情况的发生，这使得很多人群的患病率增加了一倍。也有证据表明，菌群的耐受性随着每一个抗生素疗程持续使用而降低，一旦中断使用，正常菌群或许永远不会完全恢复或者被耐药菌取代。