肛门疼痛可根据病因进行治疗，常见病因包括肛裂、炎性外痔等，具体治疗如下：
1、肛裂：大部分肛裂患者可先纠正原发便秘或腹泻，或临床局部用药试验性治疗。保守治疗效果不佳者可以考虑行肛裂切除和（或）肛裂切开术。大部分急性或初发肛裂可以通过增加纤维和水摄入及温水坐浴来治愈。
2、炎性外痔：轻者可进行非手术治疗，如服用消炎镇痛药物，卧床休息。发病初24小时，适宜冷敷，24小时后改为热敷或坐浴，外敷痔疮膏等。病情严重者或药物治疗无效者，可进行炎性外痔切除术，以迅速缓解症状。
3、肛周脓肿：本病的治疗没有太多选择，治愈的方法只有手术，且越早越好。在无条件或身体条件不允许手术的情况下可以选择药物治疗。可选择口服抗生素，一般用广谱抗生素。对范围相对大的脓肿需联合用药，甲硝唑、硫酸依替米星、头孢类等。外用药涂金黄膏、活血止痛散、四黄膏、玉露膏等。
4、肛窦炎：以保守治疗为主。可以温盐水坐浴，同时也可口服抗生素治疗，对减轻患者疼痛症状。此外，患者必要时也可采用肛窦切开引流术治疗。
