临床上查科三联征是一组严重的症状，病因多样，常见于胆道结石、胆道寄生虫、胆道肿瘤等疾病，具体如下：
1、胆道结石：常见为肝外胆管结石，胆囊的结石进入胆管，引起胆道的梗阻，继发出现胆管炎，表现为查科三联症。
2、胆道寄生虫：常见为蛔虫，蛔虫通过十二指肠的壶腹部，逆行进入胆管，引起胆管的感染，出现查科三联征。
3、胆道肿瘤：胆道的良恶性肿瘤生长，出现胆道的完全性梗阻时，并发胆管急性炎症，引起查科三联征。
4、胆道的狭窄：胆道的狭窄导致胆汁排出不畅，胆汁淤积，甚至出现胆管的梗阻，合并胆道急性炎症时会出现查科三联征。
5、其他：胆肠吻合术后如果出现肠液逆流进入胆道，引起急性胆道感染时出现查科三联征；原发性硬化性胆管炎后期，胆管变形，胆汁排出不畅，合并感染时出现查科三联征；经T形管造影后，将细菌带入胆道中，引起急性胆道感染时出现查科三联征；经皮肝穿刺胆管引流术后护理不当，导致外源性的胆道感染，出现查科三联征。
