桥本氏甲状腺炎很难治愈，目前临床上无法针对该病病因进行彻底的根除治疗。桥本氏甲状腺炎的治疗包括观察治疗和药物治疗，而是否需要外科治疗尚存争议，可根据临床情况决定是否选择。
从临床经验上看，如果患者无激素缺乏的证据且甲状腺功能正常，一般建议观察治疗。部分患者需要甲状腺激素替代治疗，只有少数需要外科干预。
如果桥本氏甲状腺炎造成甲状腺激素的缺乏，可开始甲状腺激素（左旋甲状腺素）替代治疗。治疗开始时应正确评估左旋甲状腺素应用剂量，甲状腺激素过量会加速骨质流失，左旋甲状腺素过度治疗也可造成心脏节律紊乱。
如果患者的甲状腺肿大已经出现明显的压迫症状、口服药物症状不缓解或者怀疑合并有甲状腺癌，可考虑进行手术治疗。缺点是术后发生甲状腺功能减退的概率很高，常需要终身服用左甲状腺素替代治疗。
此外，桥本氏甲状腺炎患者应尽量少吃海带、海蜇、带鱼、紫菜等高碘食物。生活上注意劳逸结合，秋冬季节注意身体保暖，定期进行甲状腺功能监测。
