复发性单纯疱疹需要与以下疾病鉴别：
1、疱疹样阿弗他溃疡：表现为散在分布的单个小溃疡，溃疡数量较多，主要分布于口腔内角化程度较差的黏膜处。病程反复，不经过发疱期不造成龈炎，儿童中少见，无皮肤损害。
2、三叉神经带状疱疹：水疱较大，聚集成簇，沿三叉神经的分支排列成带状，但不超过中线。疼痛剧烈，部分患者病损愈合后在一段时期内仍有疼痛。以老年人及免疫缺陷者多见，痊愈后较少复发。
3、手足口病：前驱症状有发热、困倦与局部淋巴结肿大等，后在口腔黏膜、手掌、足底出现散在水疱、丘疹与斑疹，数量不等。斑疹周围有红晕，无明显压痛，其中央为小水疱，皮肤的水疱数日后干燥结痂，口腔损害广泛分布于唇、颊、舌、腭等处，初起时多为小水疱，迅速破溃成为溃疡，经5-10日后愈合。
