马拉色菌毛囊炎需要与痤疮、细菌性毛囊炎、痤疮型药疹、嗜酸性脓疱性毛囊炎等。
1、痤疮：痤疮的皮肤损害多样，不仅有毛囊性丘疹，而且还间杂有黑头、白头、粉刺、脓疱，甚至结节瘢痕等，且皮疹的大小出现时间和炎症程度彼此也有差别，没有明显的诱因。
2、细菌性毛囊炎：细菌性毛囊炎皮肤损害有演变过程，初起为红色毛囊性丘疹，数天内中央出现浓疱，周围有红晕，脓疱干涸或破溃后形成黄痂。取脓液直接涂片作革兰染色后镜检和细菌培养可检测出细菌，一般为金黄色葡萄球菌。
3、痤疮型药疹：多由长期应用某些药物，如糖皮质激素、避孕药、碘剂、溴剂等引起，表现为毛囊性丘疹、脓疱疹等痤疮样皮损，多见于面部及胸背部，病程进展缓慢，停药后一段时间可愈。
4、嗜酸性脓疱性毛囊炎：主要见于男性青壮年，好发部位为颜面，特别是双面颊，也可发生于胸部、躯干、头皮、掌跖部，皮疹为毛囊性丘疹和脓疱，并可形成环形或多环形结构，部分皮疹可在几天内消退，可做组织病理学与马拉色菌毛囊炎鉴别。
