阴部神经干痛可能需要和阴道炎、尿路感染进行鉴别诊断，以免出现误诊的情况，耽误病情治疗。
1、阴道炎：患者主要表现为阴道分泌物异常，外阴及会阴部、肛周可出现瘙痒、刺痛、疼痛、灼热感等症状，部分患者可有膀胱刺激症症状、尿道口刺痛、同房不适、疼痛等；阴部神经干痛的主要临床症状包括感觉异常、大小便异常、性功能障碍，部分患者可出现情绪障碍。主要通过阴道分泌物检查。前者阴道分泌物检查异常，镜下可见病原体感染；后者阴道分泌物检查常提示异常。
2、尿路感染：主要表现是膀胱刺激征，即尿频、尿急、尿痛，膀胱区或会阴部不适及尿道烧灼感；尿频程度不一，严重者可出现急迫性尿失禁；阴部神经干痛的主要临床症状包括感觉异常、大小便异常、性功能障碍。两者可通过尿液检查鉴别。前者尿液检查查见尿混浊、尿液中有白细胞，常见终末血尿，有时为全程血尿，甚至见血块排出；后者尿液检查未见明显异常。
