食管梗阻的病因有疾病因素和非疾病因素，疾病因素包括先天性因素、痉挛性因素、肿瘤及术后、损伤等。
一、疾病因素
1、先天性因素
如先天性的食管闭锁，是一种严重的先天畸形，主要是胚胎初期前肠的异常发育，从而导致食管畸形；先天性食管狭窄主要表现为结构异常，内径较正常婴幼儿狭窄。
2、痉挛性因素
贲门痉挛是一种以食管下括约肌松弛障碍，和食管体部无蠕动为主要特征的原发性食管动力紊乱性疾病，也会引发吞咽饮食困难，并逐渐加重，后期导致食管体部蠕动减弱或消失，而引发该病。
3、肿瘤及术后
如食管癌、纵隔恶性肿瘤、肺癌、食管囊肿等以及食道术后的狭窄瘢痕都会引起吞咽困难、食管的梗阻。
4、损伤
如食管黏膜损伤、食管化学性烧伤等由于后期形成疤痕组织而导致的食管狭窄所致吞咽困难。
二、非疾病因素
老年人牙具脱落或使用假牙，咀嚼功能较差，口内感觉欠灵敏等，造成误吞导物而堵塞食管；或者小儿磨牙发育不全，食物未经充分咀嚼或有口含小玩物的不良习惯等也会导致食管的堵塞梗阻。
