囊虫病的治疗可以分为一般治疗、药物治疗和手术治疗。
一、一般治疗
吡喹酮和阿苯达唑是抗囊尾蚴的主要药物，临床治疗皮下肌肉型和脑囊尾蚴病均有较好效果，非活动期及部分蜕变囊尾蚴则无需抗虫治疗。吡喹酮以杀虫作用为主，药效快，疗程短，但副作用大。阿苯达唑以影响虫体的正常代谢为主，药效缓和，疗程略长，副作用较小。
二、药物治疗
常见药物：吡喹酮、丙硫咪唑、甲苯咪唑
1、吡喹酮：系一种广谱的抗蠕虫药物，对囊虫亦有良好的治疗作用。服药物囊虫可出现肿胀、变性及坏死，导致囊虫周围脑组织的炎症反应及过敏反应。有的患者还可出现程度不等的脑水肿，脑脊液压力与细胞数增高，严重者甚至发生颅内压增高危象。
2、丙硫咪唑：广谱抗蠕虫药物，常见的毒副反应有皮肤瘙痒、荨麻疹、头昏、发热、癫痫发作和颅内压增高。
3、甲苯咪唑：常见的毒副反应有腹痛、腹泻、皮肤瘙痒和头痛等。
三、手术治疗
确诊为脑室型者应手术治疗，对颅内压持续增高、神经体征及CT证实病灶甚局限的患者，亦可考虑手术治疗。
